如何使用 ftp 创建本地 blast 数据库
How to create a local blast db using ftp
我想运行 blast 搜索，将一个基因与一个特定生物体的基因组进行比较。像下面这样的东西，我可以把它放在一个循环中并不断改变 $OrganismName
的值
blastn -query $Gene -db /Volumes/genomes/$OrganismName -out Acan_blast.txt -evalue 0.00001 -outfmt 6
根据我在网络上其他地方看到的内容，我似乎需要使用 ftp 服务器创建一个本地数据库。我一直在尝试这样做，但没有成功，比如
makeblastdb -in ./index.html -out genomes -dbtype nucl -input_type blastdb
或
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/
随后是
中的 1 个
makeblastdb -in index.html -out genomes -dbtype nucl
makeblastdb -in ./index.html -out genomes -dbtype nucl -input_type blastdb
请解释你的命令和选项，我什至不知道 ftp 是什么或为什么这是必要的，我真的不知道如何在下载后使用 ftp它，我只知道这似乎是唯一的方法。
正如用户 chris.mit7 指出的那样 here，应该可以将 -remote 标志与 -entrez_query 标志结合起来一次获得单个物种的结果。要查询特定物种，例如智人，您可以将命令修改为以下内容：
blastn -query $Gene -db nr -out Acan_blast.txt -evalue 0.00001 -outfmt 6
我想运行 blast 搜索，将一个基因与一个特定生物体的基因组进行比较。像下面这样的东西，我可以把它放在一个循环中并不断改变 $OrganismName
的值blastn -query $Gene -db /Volumes/genomes/$OrganismName -out Acan_blast.txt -evalue 0.00001 -outfmt 6
根据我在网络上其他地方看到的内容，我似乎需要使用 ftp 服务器创建一个本地数据库。我一直在尝试这样做，但没有成功，比如
makeblastdb -in ./index.html -out genomes -dbtype nucl -input_type blastdb
或
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/
随后是
中的 1 个makeblastdb -in index.html -out genomes -dbtype nucl
makeblastdb -in ./index.html -out genomes -dbtype nucl -input_type blastdb
请解释你的命令和选项，我什至不知道 ftp 是什么或为什么这是必要的，我真的不知道如何在下载后使用 ftp它，我只知道这似乎是唯一的方法。
正如用户 chris.mit7 指出的那样 here，应该可以将 -remote 标志与 -entrez_query 标志结合起来一次获得单个物种的结果。要查询特定物种，例如智人，您可以将命令修改为以下内容：
blastn -query $Gene -db nr -out Acan_blast.txt -evalue 0.00001 -outfmt 6