如何定义维恩图中交叉点的颜色？
How to define color of intersection in a Venn diagram?
我找到了很多关于如何在 R 中绘制维恩图的资源。Stack Overflow has a lot of them。但是，我仍然无法按照我想要的方式绘制图表。以下面的代码为例：
library("VennDiagram")
A <- 1:4
B <- 3:6
d <- list(A, B)
vp <- venn.diagram(d, fill = c("white", "white"), alpha = 1, filename = NULL,
category.names=c("A", "B"))
grid.draw(vp)
我希望集合之间的交集是红色的。但是，如果我将任何白色更改为红色，我会得到以下结果：
vp_red <- venn.diagram(d, fill = c("red", "white"), alpha = 1, filename = NULL,
category.names=c("A", "B"))
grid.draw(vp_red)
这不是我想要的。我只希望十字路口是红色的。如果我改变 alpha，这就是我得到的：
vp_alpha <- venn.diagram(d, fill = c("red", "white"), alpha = 0.5, filename = NULL,
category.names=c("A", "B"))
grid.draw(vp_alpha)
现在我的十字路口有粉红色。这也不是我想要的。我想要的是这样的 image from Wikipedia:
我该怎么做？也许 VennDiagram 包不能做到这一点，我需要一些其他包，但我一直在测试不同的方法，但我找不到解决方案。
我将展示两种不同的可能性。在第一个示例中，polyclip::polyclip 用于获取交集。在第二个例子中，圆被转换为 sp::SpatialPolygons，我们使用 rgeos::gIntersection 得到交点。然后我们重新绘制圆圈并填充相交区域。
使用venn.diagram得到的对象是
"of class gList containing the grid objects that make up the diagram"
因此，在这两种情况下，我们都可以从“vp”中获取相关数据。首先，检查str结构并列出对象的grobs：
str(vp)
grid.ls()
# GRID.polygon.234
# GRID.polygon.235
# GRID.polygon.236 <~~ these are the empty circles
# GRID.polygon.237 <~~ $ col : chr "black"; $ fill: chr "transparent"
# GRID.text.238 <~~ labels
# GRID.text.239
# GRID.text.240
# GRID.text.241
# GRID.text.242
1。 polyclip
获取 x 和 y 值，并将它们放入 polyclip 所需的格式：
A <- list(list(x = as.vector(vp[[3]][[1]]), y = as.vector(vp[[3]][[2]])))
B <- list(list(x = as.vector(vp[[4]][[1]]), y = as.vector(vp[[4]][[2]])))
找到交集：
library(polyclip)
AintB <- polyclip(A, B)
抓取标签：
ix <- sapply(vp, function(x) grepl("text", x$name, fixed = TRUE))
labs <- do.call(rbind.data.frame, lapply(vp[ix], `[`, c("x", "y", "label")))
画出来！
plot(c(0, 1), c(0, 1), type = "n", axes = FALSE, xlab = "", ylab = "")
polygon(A[[1]])
polygon(B[[1]])
polygon(AintB[[1]], col = "red")
text(x = labs$x, y = labs$y, labels = labs$label)
2。 SpatialPolygons 和 gIntersection
抓取圆的坐标：
# grab x- and y-values from first circle
x1 <- vp[[3]][["x"]]
y1 <- vp[[3]][["y"]]
# grab x- and y-values from second circle
x2 <- vp[[4]][["x"]]
y2 <- vp[[4]][["y"]]
将点转换为 SpatialPolygons 并找到它们的交点：
library(sp)
library(rgeos)
p1 <- SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(cbind(x1, y1))), ID = 1)))
p2 <- SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(cbind(x2, y2))), ID = 2)))
ip <- gIntersection(p1, p2)
画出来！
# plot circles
plot(p1, xlim = range(c(x1, x2)), ylim = range(c(y1, y2)))
plot(p2, add = TRUE)
# plot intersection
plot(ip, add = TRUE, col = "red")
# add labels (see above)
text(x = labs$x, y = labs$y, labels = labs$label)
我很确定您可以使用 grid 或 gridSVG 包中的裁剪函数直接在 grobs 上工作。
在 eulerr R 包中非常简单
library(eulerr)
plot(euler(c("A"=5,"B"=4,"A&B"=2)),quantities = TRUE,fills=c("white","white","red"))
euler set colours
我找到了很多关于如何在 R 中绘制维恩图的资源。Stack Overflow has a lot of them。但是，我仍然无法按照我想要的方式绘制图表。以下面的代码为例：
library("VennDiagram")
A <- 1:4
B <- 3:6
d <- list(A, B)
vp <- venn.diagram(d, fill = c("white", "white"), alpha = 1, filename = NULL,
category.names=c("A", "B"))
grid.draw(vp)
我希望集合之间的交集是红色的。但是，如果我将任何白色更改为红色，我会得到以下结果：
vp_red <- venn.diagram(d, fill = c("red", "white"), alpha = 1, filename = NULL,
category.names=c("A", "B"))
grid.draw(vp_red)
这不是我想要的。我只希望十字路口是红色的。如果我改变 alpha，这就是我得到的：
vp_alpha <- venn.diagram(d, fill = c("red", "white"), alpha = 0.5, filename = NULL,
category.names=c("A", "B"))
grid.draw(vp_alpha)
现在我的十字路口有粉红色。这也不是我想要的。我想要的是这样的 image from Wikipedia:
我该怎么做？也许 VennDiagram 包不能做到这一点，我需要一些其他包，但我一直在测试不同的方法，但我找不到解决方案。
我将展示两种不同的可能性。在第一个示例中，polyclip::polyclip 用于获取交集。在第二个例子中，圆被转换为 sp::SpatialPolygons，我们使用 rgeos::gIntersection 得到交点。然后我们重新绘制圆圈并填充相交区域。
使用venn.diagram得到的对象是
"of class
gListcontaining thegridobjects that make up the diagram"
因此，在这两种情况下，我们都可以从“vp”中获取相关数据。首先，检查str结构并列出对象的grobs：
str(vp)
grid.ls()
# GRID.polygon.234
# GRID.polygon.235
# GRID.polygon.236 <~~ these are the empty circles
# GRID.polygon.237 <~~ $ col : chr "black"; $ fill: chr "transparent"
# GRID.text.238 <~~ labels
# GRID.text.239
# GRID.text.240
# GRID.text.241
# GRID.text.242
1。 polyclip
获取 x 和 y 值，并将它们放入 polyclip 所需的格式：
A <- list(list(x = as.vector(vp[[3]][[1]]), y = as.vector(vp[[3]][[2]])))
B <- list(list(x = as.vector(vp[[4]][[1]]), y = as.vector(vp[[4]][[2]])))
找到交集：
library(polyclip)
AintB <- polyclip(A, B)
抓取标签：
ix <- sapply(vp, function(x) grepl("text", x$name, fixed = TRUE))
labs <- do.call(rbind.data.frame, lapply(vp[ix], `[`, c("x", "y", "label")))
画出来！
plot(c(0, 1), c(0, 1), type = "n", axes = FALSE, xlab = "", ylab = "")
polygon(A[[1]])
polygon(B[[1]])
polygon(AintB[[1]], col = "red")
text(x = labs$x, y = labs$y, labels = labs$label)
2。 SpatialPolygons 和 gIntersection
抓取圆的坐标：
# grab x- and y-values from first circle
x1 <- vp[[3]][["x"]]
y1 <- vp[[3]][["y"]]
# grab x- and y-values from second circle
x2 <- vp[[4]][["x"]]
y2 <- vp[[4]][["y"]]
将点转换为 SpatialPolygons 并找到它们的交点：
library(sp)
library(rgeos)
p1 <- SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(cbind(x1, y1))), ID = 1)))
p2 <- SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(cbind(x2, y2))), ID = 2)))
ip <- gIntersection(p1, p2)
画出来！
# plot circles
plot(p1, xlim = range(c(x1, x2)), ylim = range(c(y1, y2)))
plot(p2, add = TRUE)
# plot intersection
plot(ip, add = TRUE, col = "red")
# add labels (see above)
text(x = labs$x, y = labs$y, labels = labs$label)
我很确定您可以使用 grid 或 gridSVG 包中的裁剪函数直接在 grobs 上工作。
在 eulerr R 包中非常简单
library(eulerr)
plot(euler(c("A"=5,"B"=4,"A&B"=2)),quantities = TRUE,fills=c("white","white","red"))
euler set colours