使用 Sun Grid Engine 时找不到（存在的）文件

Question

我正在使用 Matlab 在使用 Sun Grid Engine 的集群上进行一些图像处理。在我的个人笔记本电脑上，代码运行没问题，但是当我在集群上运行它时，我收到几个无法找到文件的错误。例如，找不到存在的 .nii (nifti) 文件（当我在 shell 中交互式地运行 matlab 时，我可以读取它）。输出日志的摘录：

{^HError using load_nii_ext (line 97)
Cannot find file
    "/path/imageFile.nii".

而且我还从 xml 结构化文件（需要有 .mps 扩展名才能被后处理工具箱读取，这在我自己的笔记本电脑上运行良好）中得到错误。输出日志的另一个摘录：

/path/pointSetFile.mps exists {^HError using readpointsmps (line 24) Failed to read XML file /path/pointSetFile.mps.

在第二条错误消息中，第一行是我在脚本中包含的输出，

if exist(strcat(folder, fileName), 'file') == 2 disp([strcat(folder, fileName) ' exists']) end

所以很奇怪 1) 我可以看到文件，2) 我可以用 Matlab 手动打开它们，3) 根据 matlab 函数 exist() 它们确实存在，但是当函数 xmlread()和read_niigz()想打开突然找不到了

作为额外信息：我运行带有标志 -nodisplay -nodesktop -nosplash 的脚本，我目前运行这些脚本作为 SGE 的 2 个任务。内存应该不错，我给它5GB，我所有的图像加起来大约1.5GB。

我使用的是从根 / 开始的绝对路径，现在已经一个字母一个字母地阅读路径大约 200 遍了，完全不知道发生了什么。

Answer 1

我现在已经解决了问题

@Xiangrui Li在评论中指出，.nii文件丢失是由于干扰了.nii和.nii.gz文件的解压、读取和删除。这确实是问题所在。谢谢！

我发现第二个问题是由于文件名中的元音变音引起的。显然，系统和 matlab 甚至其他涉及的进程对文件名进行编码之间存在差异。删除带有变音符号的字符解决了问题。

使用 Sun Grid Engine 时找不到（存在的）文件

Files (that exist) not found when using Sun Grid Engine

matlab

path

filenotfoundexception

cluster-computing

sungridengine