在系统发育祖先状态重建中指定颜色

Question

我正在尝试指定我的祖先状态重建分析中使用的颜色，这样我就可以在其他图表中使用相同的颜色相同的数据。但是，当我使用 ape 中的 nodelabels 时，我指定的颜色与显示的颜色不一致。有人知道为什么吗？以及如何解决它？请参阅下面的问题示例：

rm(list = ls())

library(phytools)
library(ape)
library(RColorBrewer)

set.seed(1237)

tree = rtree(50)

plot(tree)

variable = rTraitDisc(tree, k = 5)
names(variable) = tree$tip.label

cols = data.frame(type = levels(variable),
                    color = I(brewer.pal(nlevels(variable), name = 'Set1')))
cols_vector = cols$color
names(cols_vector) = cols$type

fit = ace(x = variable, phy = tree, type = 'discrete')

nodelabels(node=1:tree$Nnode+Ntip(tree),
           pie=fit$lik.anc, piecol=cols_vector)
tiplabels(pie=to.matrix(variable,sort(unique(variable))),piecol=cols_vector)
tiplabels(text = variable)

给出图像：

大多数颜色排列正常，但 E 显示为紫色，但代码为 #FF7F00（橙色）。这段代码举例说明：

t = table(variable)
barplot(t, col = cols_vector[match(names(t), names(cols_vector))])

如有任何建议，我们将不胜感激。

Answer 1

问题出在命令 to.matrix(variable,sort(unique(variable))) 中。鉴于您的种子，没有提示具有值 D，因此如果您构建一个矩阵，其中的列代表唯一值，则只会使用调色板中的前四种颜色。

head(to.matrix(variable,sort(unique(variable))))
    A B C E
t47 1 0 0 0
t14 1 0 0 0
t2  1 0 0 0
t19 1 0 0 0
t29 1 0 0 0
t5  1 0 0 0

将 seq = 参数替换为所有可能特征值的向量应该可以解决颜色不匹配的问题。

tiplabels(pie = to.matrix(x = variable, seq = LETTERS[1:5]), piecol = cols_vector)

在系统发育祖先状态重建中指定颜色

Specifying colours in phylogenetic ancestral state reconstruction

r

phylogeny

ape-phylo