如何在 R 中为分类变量创建部分依赖图？

Question

我正在使用 r-package randomForest 并成功制作了随机森林模型和重要性图。我正在处理二分反应和几个分类预测变量。

但是，我不知道如何为我的分类变量制作部分依赖图。我试过使用 randomForest 命令 partialPLot。但是我收到以下错误：

> partialPlot(rf.5, rf.train.1, religion)
Error in is.finite(x) : default method not implemented for type 'list'

.

所以我的问题是：谁能用简单的方式解释一下如何为分类变量制作随机森林部分依赖图？

这是我想要的情节：https://stats.stackexchange.com/questions/235667/partial-dependence-plot-interpretation-for-categorical-variables

非常感谢对此的一些帮助。谢谢！

Answer 1

这是一个简单的示例，说明如何将 partialPlot 用于分类解释变量。检查 partialPlot 输入的类是否与此示例相同。
希望对您有所帮助
数据集 df 有一个二元独立变量 x4 和一个二元响应变量 y:

df <- data.frame(iris[,1:3], x4=factor(iris$Petal.Width>1.5), 
                         y=factor(iris$Species=="virginica"))
str(df)

######################
'data.frame':   150 obs. of  5 variables:
 $ Sepal.Length: num  5.1 4.9 4.7 4.6 5 5.4 4.6 5 4.4 4.9 ...
 $ Sepal.Width : num  3.5 3 3.2 3.1 3.6 3.9 3.4 3.4 2.9 3.1 ...
 $ Petal.Length: num  1.4 1.4 1.3 1.5 1.4 1.7 1.4 1.5 1.4 1.5 ...
 $ x4          : Factor w/ 2 levels "FALSE","TRUE": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ y           : Factor w/ 2 levels "FALSE","TRUE": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...

这是 x4 的部分情节：

library(randomForest)
RF <- randomForest(y~., data=df)

partialPlot(x=RF, pred.data=df, x.var=x4, which.class="TRUE")

Answer 2

plotmo R 包将绘制“任何”模型的所有变量和变量对（双变量依赖）的部分依赖关系，包括具有分类变量和响应的变量。

有关 plotmo 的简短示例，请参阅 Bivariate partial dependence with randomForest in R.

如何在 R 中为分类变量创建部分依赖图？

How can I create a Partial Dependence plot for a categorical variable in R?

plot

r

machine-learning

random-forest

categorical-data