makefile 运行对所有规则执行一次

Question

我写了一个 makefile 来准备一些文件。我创建原始目录，然后使用文件夹内的文件启动其他规则

RDIR=.
RFILES:=$(wildcard $(RDIR)/*.vcf)
OUTDIR=ORIGINAL
OUTFILES=$(patsubst %.vcf,$(OUTDIR)/%.gz,$(RFILES))
BCFTOOLS=bcftools 
OUTSOMATIC=SOMATIC
OUTVARDICT=$(patsubst 
$(OUTDIR)/%vardict.gz,$(OUTSOMATIC)/%.somatic.vcf,$(wildcard 
$(OUTDIR)/*vardict.gz))
OUTMUTEC2=$(patsubst 
$(OUTDIR)/%mutect2_all.gz,$(OUTSOMATIC)/%mutect2.somatic.vcf,$(wildcard 
$(OUTDIR)/*mutect2_all.gz))

OUTVARSCAN2=$(patsubst 
$(OUTDIR)/%varscan.gz,$(OUTSOMATIC)/%varscan2.somatic.vcf,$(wildcard 
$(OUTDIR)/*varscan.gz))

.PHONY: all

all: $(OUTDIR) $(OUTFILES) $(OUTSOMATIC) $(OUTVARDICT) $(OUTMUTEC2) 
$(OUTVARSCAN2)


$(OUTDIR)/%.gz: %.vcf
    bgzip -c $<  > $@


$(OUTDIR):
    test -d $@ || mkdir $@

$(OUTSOMATIC):
    test -d $@ || mkdir $@



$(OUTSOMATIC)/%.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%vardict.gz
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS -i 'INFO/STATUS ~ ".*Somatic"' $<  > $@



$(OUTSOMATIC)/%mutect2.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%mutect2_all.gz
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS $<  > $@



$(OUTSOMATIC)/%varscan2.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%varscan.gz
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS -i 'SS="2"' $<  > $@




clean:
    rm -rf $(OUTDIR)
    rm -rf $(OUTSOMATIC)

我需要启动 3 次 make -f Makefile 来执行所有规则。如何可以改进那个脚本吗？

正确的方法是什么？感谢您的帮助

Answer 1

如果我理解正确的话，你的 makefile 是将一个目录中的 vcf 文件压缩到第二个目录中的 gz 文件，然后使用这些 gz 文件在第三个目录中构建 vcf 文件（根据需要构建目录），以及那些最终的 vcf 文件才是真正的目标。

如果您修改变量分配以从计划的 gz 文件而不是已经存在的 gz 文件中派生目标名称，您可以一次完成：

OUTVARDICT=$(patsubst $(OUTDIR)/%vardict.gz,$(OUTSOMATIC)/%.somatic.vcf,$(filter $(OUTDIR)/%vardict.gz, $(OUTFILES)))

OUTMUTEC2= $(patsubst $(OUTDIR)/%mutect2_all.gz, $(OUTSOMATIC)/%mutect2.somatic.vcf, $(filter $(OUTDIR)/%mutect2_all.gz, $(OUTFILES)))

OUTVARSCAN2 = $(patsubst $(OUTDIR)/%varscan.gz,$(OUTSOMATIC)/%varscan2.somatic.vcf, $(filter $(OUTDIR)/%varscan.gz, $(OUTFILES)))

并修改规则以允许 Make 确定要构建的中间体：

all: $(OUTVARDICT) $(OUTMUTEC2) $(OUTVARSCAN2)

$(OUTDIR)/%.gz: %.vcf $(OUTDIR)
    bgzip -c $<  > $@

$(OUTDIR):
    test -d $@ || mkdir $@

$(OUTSOMATIC):
    test -d $@ || mkdir $@

$(OUTSOMATIC)/%.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%vardict.gz $(OUTSOMATIC)
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS -i 'INFO/STATUS ~ ".*Somatic"' $<  > $@

$(OUTSOMATIC)/%mutect2.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%mutect2_all.gz $(OUTSOMATIC)
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS $<  > $@

$(OUTSOMATIC)/%varscan2.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%varscan.gz $(OUTSOMATIC)
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS -i 'SS="2"' $<  > $@

makefile 运行对所有规则执行一次

makefile run execute one time for all rules

makefile

bioinformatics

gnu-make

vcf-variant-call-format

makefile 运行 对所有规则执行一次

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makefile 运行对所有规则执行一次