bash 4.4 里面 python 和 os.system

Question

我在运行在 python 脚本中设置 bash 脚本时遇到问题 script.py:

import os
bashCommand = """
sed "s/) \['/1, color=\"#ffcccc\", label=\"/g" list.txt | sed 's/\[/    GraphicFeature(start=/g' | sed 's/\:/, end=/g' | sed 's/>//g' | sed 's/\](/, strand=/g' | sed "s/'\]/\"),/g" >list2.txt"""

os.system("bash %s" % bashCommand)

当我运行 this as python script.py 时，没有写入 list2.txt，但在终端上我看到我在 bash-4.4 而不是原生 macOS bash.

知道是什么原因造成的吗？

我上面发布的脚本是一个更大的脚本的一部分，首先它读取一些文件并输出 list.txt。

编辑：这里有更多的描述在第一个 python 脚本中，我解析了一个文件（具体来说是 genbank 文件），以将包含项目（位置、链、名称）的列表写入 list.txt。此 list.txt 必须转换为可由第二个 python 脚本解析，因此 sed.

list.txt

[0:2463](+) ['bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase I']
[2464:3397](+) ['Homoserine kinase']
[3397:4684](+) ['Threonine synthase']

所有括号，:，' 都必须替换为看起来像所需的输出 list2.txt

    GraphicFeature(start=0, end=2463, strand=+1, color="#ffcccc", label="bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase I"),
    GraphicFeature(start=2464, end=3397, strand=+1, color="#ffcccc", label="Homoserine kinase"),
    GraphicFeature(start=3397, end=4684, strand=+1, color="#ffcccc", label="Threonine synthase"),

Answer 1

读取Python中的文件，用单个正则表达式解析每一行，并输出由捕获的片段构造的适当行。

import re
import sys

#                         1     2                3
#                        ---   ---              --
regex = re.compile(r"^\[(\d+):(\d+)\]\(\+\) \['(.*)'\]$")
# 1 - start value
# 2 - end value
# 3 - text value
with open("list2.txt", "w") as out:
    for line in sys.stdin:
        line = line.strip()
        m = regex.match(line)
        if m is None:
            print(line, file=out)
        else:
            print('GraphicFeature(start={}, end={}, strand=+1, color="#ffcccc", label="{}"),'.format(*m.groups()), file=out)

我输出与正则表达式不匹配的行未修改；您可能想完全忽略它们或报告错误。

bash 4.4 里面 python 和 os.system

bash 4.4 inside python with os.system

python

bash

shell

os.system

bash4