来自许多单独链的马尔可夫链拟合（在 R 中）

Question

使用 markovchain 包，我正在处理一个数据集，该数据集包含对 23k 个人中每个人的六个月观察。

当我使用 markovchainFit 函数拟合 DTMC 时，该函数似乎想要接收我的 23k 个体中的一个。我如何在 23k 6 周期序列的全部总体上拟合 DTMC？

（仅供参考 - 我能够 calculate/plot/describe/etc。MC 很好 - 我只想能够生成一些干净的预测并利用包的其余功能，为此它看来我需要一个合适的 MC 对象？）

那么：我如何使用 markovchain 或另一个使用相同 6 周期序列的一系列观察的包来拟合 MC 对象，然后让我为未来的步骤生成一些预测？

Answer 1

markovchainFit 函数可以处理 matrix、data.frame 和 list 作为输入：

library(markovchain)
#getting from matrix / data.frame
data(holson) #load a data.frame (also it works with matrices)
head(holson) #load a matrix of pop * time observations
singleMc<-markovchainFit(data=holson[,2:7],name="holson") #fit the MC

#getting from list
myList<-list()
for (i in 1:100) {
  myList[[i]]<-sample(x = c("a","b"),size = 6,replace = TRUE,prob = c(0.5,0.5))
}
singleMcFromList<-markovchainFit(data=myList,name="holson") #fit the MC

来自许多单独链的马尔可夫链拟合（在 R 中）

Markov chain fit from many individual chains (in R)

r

markov-chains

markov-models