从 R 中的嵌套循环中的列表中提取 3D netcdf 变量

Question

假设我有 3 个不同站点的 n 时间步长的 10 个模型配置，总共生成了 30 个我想要打开和操作的 netcdf 文件。我可以打开

等30个文件

require(ncdf4)

allfiles= list() 
nmod=10     
nsites=3    

for (i in 1:nmod) {
allfiles[[i]] = list(nc_open(paste0('Model',i,'siteA.nc')),
                     nc_open(paste0('Model',i,'siteB.nc')),
                     nc_open(paste0('Model',i,'siteC.nc')))
}

在查询打开内容的class时，我有

class(allfiles)

[1] "list"

class(allfiles[[1]][[1]])

[1] "ncdf4"

符合预期。现在我想做的是从文件中的变量中提取值

var=list()
for (i in 1:nmod) {
  for (j in 1:nsites) {
    var[[i]][[j]] <- ncvar_get(allfiles[[i]][[j]],"var1") 
    nc_close(allfiles[[i]][[j]])
   }}

但我收到此错误消息：

 `Error in *tmp*[[i]] : subscript out of bounds`

如果我尝试

 var[[i]] <- ncvar_get(allfiles[[i]][[j]],"var1")

它（可以理解）仅在一个站点生成包含 10 个模型配置的列表，即 var[[1]][[1]][1] 打印出模型配置 1、站点 A、时间步长 1 处的变量值，但 var[[1]][[2]]不存在。我如何在上面的循环中声明 var 以便它包含所有模型、所有站点和所有时间步长的所有值（例如 var[[1]][[2]][1] 存在）？

Answer 1

在你的错误发生的原始版本中，在第一个内循环中，你尝试做一些事情：var[[1]][[1]] <- something，但是var[[1]]不存在，R也不存在不知道该怎么做，所以我想下面的事情应该可行，你在做 var[[i]][[j]] <- something 之前设置 var[i] <- list():

var=list()
for (i in 1:nmod) {
var[i] <- list()
  for (j in 1:nsites) {
    var[[i]][[j]] <- ncvar_get(allfiles[[i]][[j]],"var1") 
    nc_close(allfiles[[i]][[j]])
  }
}

例如，如果您这样做：

var <- list()
for (i in 1:10) {
    for (j in 1:10) {
        var[[i]][[j]] <- 1
    }
}

然后出现同样的错误。但是如果你在执行内部循环之前设置 var[[i]] <- list() 是这样的：

var <- list()
for (i in 1:10) {
    var[[i]] <- list()
    for (j in 1:10) {
        var[[i]][[j]] <- 1
    }
}

那么问题就解决了

从 R 中的嵌套循环中的列表中提取 3D netcdf 变量

Extracting 3D netcdf variable from lists within nested loop in R

r

for-loop

netcdf