指定 colorRamp 端点

Question

我可以为 colorRamp 指定端点，以便无论其他数据的范围如何，值始终映射到单一颜色吗？

我正在尝试在 plotly 中创建交互式相关图。这是一些示例数据。

set.seed(1)
m <- 4
cm <- matrix(runif(m**2,-1,1),
             nrow=m, ncol=m,
             dimnames=list(letters[1:m],letters[1:m]))
diag(cm) <- 1

cm
#            a          b          c          d
# a  1.0000000 -0.5966361  0.2582281  0.3740457
# b -0.2557522  1.0000000 -0.8764275 -0.2317926
# c  0.1457067  0.8893505  1.0000000  0.5396828
# d  0.8164156  0.3215956 -0.6468865  1.0000000

我基本上是在尝试创建一个交互式版本：

library(corrplot)
corrplot(cm,method='shade')

这是我创建的（有点古怪的）交互式相关图。

div_colors <- c('dark red','white','navy blue')
grid_labels <- matrix(paste0('Cor(',
                               do.call(paste,c(expand.grid(rownames(cm),colnames(cm)), sep=', ') ),
                               '): ', 
                               t(round(cm,2))
                             ),
                             ncol=m,byrow=TRUE)
library(plotly)
plot_ly(x = colnames(cm),
        y = rownames(cm),
        z = cm,
        colors = colorRamp(div_colors),
        type='heatmap',
        hoverinfo='text',
        text = grid_labels
        ) %>% layout(yaxis=list(autorange='reversed'))

我的问题是，如果不强制 colorRamp 端点为 c(-1,1)，白色与相关性 0 不匹配，深红色映射到观察到的最小值，而不是 -1 .

Answer 1

正如@rawr 在评论中提到的，解决方案是 set zmin and zmax，如：

plot_ly(x = colnames(cm),
        y = rownames(cm),
        z = cm,
        zmin=-1,                         #   <============
        zmax=1,                          #   <============
        colors = colorRamp(div_colors),
        type='heatmap',
        hoverinfo='text',
        text = grid_labels
) %>% layout(yaxis=list(autorange='reversed'))

这会产生所需的结果。（图例栏较短，可能是由于较新版本的 plotly 中默认大小发生了变化。）

指定 colorRamp 端点

specify colorRamp endpoints

r

colors

gradient

plotly

r-corrplot