python subprocess.call() 在将参数传递给 shell-脚本之前修改参数？

Question

我正在编写一个 python 包装器来调用 AMOS 程序包的程序（特别是用于使用来自 AMOS 的 good ol' minimus2 合并来自不同来源的基因组组件）。

直接使用shell时，脚本应该这样调用：

toAmos -s myinput.fasta -o testoutput.afg
minimus2 testoutput -D REFCOUNT=400 -D OVERLAP=500

[just for clarification:

-toAmos: converts my input.fasta file to .afg format and requires an input sequence argument ("-s") and an output argument ("-o")

-minimus2: merges a sequence dataset against reference contigs and requires an argument "-D REFCOUNT=x" for stating the number of rerference seqeunces in your input and an argument "-D OVERLAP=Y" for stating the minimum overlap between sequences]

所以在我的脚本中，我使用 subprocess.call() 来调用必要的 AMOS 工具。

基本上我是这样做的：

from subprocess import call:
output_basename = "testoutput"
inputfile = "myinput.fasta"

call(["toAmos", "-s " + inputfile, "-o " + output_basename + ".afg"])
call(["minimus2", output_basename, "-D REFCOUNT=400", "-D OVERLAP=500"])

但在这种情况下，AMOS 工具无法再解释参数。参数似乎被 subprocess.call() 修改并错误传递。我收到的错误消息是：

Unknown option: s myinput.fasta
Unknown option: o testoutput.afg
You must specify an output AMOS AFG file with option -o
/home/jov14/tools/miniconda2/bin/runAmos: unrecognized option '-D REFCOUNT=400'
Command line parsing failed, use -h option for usage info

似乎传递的参数没有前导“-”？所以我然后尝试将命令作为单个字符串（包括参数）传递，如下所示：

call(["toAmos -s " + inputfile +" -o " + output_basename + ".afg"])

但是我得到这个错误...

OSError: [Errno 2] No such file or directory

... 大概是因为 subprocess.call 将整个字符串解释为单个脚本的名称。我想我可能会尝试 shell=True 作为解决方法，但互联网上充满了明确建议不要这样做的说明。

这里似乎有什么问题？我能做什么？

Answer 1

回答

要么：

call("toAmos -s " + inputfile +" -o " + output_basename + ".afg") # single string

或者做：

call(["toAmos", "-s", inputfile, "-o", output_basename + ".afg"]) # list of arguments

讨论

对于您的情况：

call(["toAmos", "-s " + inputfile, "-o " + output_basename + ".afg"])

你应该提供：

或者 "-s" + inputfile（-s 之后没有 space），"-o" + output_basename + ".afg"
或"-s", inputfile（单独的参数），"-o", output_basename + ".afg"

对于您的情况：

call(["minimus2", output_basename, "-D REFCOUNT=400", "-D OVERLAP=500"])

"-D REFCOUNT=400" 和 "-D OVERLAP=500" 应分别提供两项 ('-D', 'REFCOUNT=400', '-D', 'OVERLAP=500')，或删除 spaces ('-DREFCOUNT=400', '-DOVERLAP=500')。

附加信息

您似乎不了解 shell 如何拆分命令行；我建议您始终使用单字符串方法，除非文件名中有 space 或者您必须使用 shell=False 选项；在这种情况下，我建议您始终提供参数列表。

Answer 2

-s 和后面的输入文件名应该是 call 的单独参数，因为它们在命令行中：

call(["toAmos", "-s", inputfile, "-o", output_basename + ".afg"])

python subprocess.call() 在将参数传递给 shell-脚本之前修改参数？

python subprocess.call() modifies arguments before passing it to shell-script?

python

bash

shell

subprocess

amos

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