打开 GML（图形建模语言）格式文件的问题

Question

我正在尝试打开 GML 格式的文件，但无法打开。基本上，我使用一个名为 ChemTraYzer 的代码来生成一些与 GML 相关的文件，即一个 .gml 文件和一个包含一些所需图片的文件夹。这是 .gml 文件：

graph [
    hierarchic 1
    label ""
    directed 1
    node [
            id "C"
            graphics
            [
                    image "reac.pic/spec_0.png"
            ]
    ]
    node [
            id "[CH3]"
            graphics
            [
                    image "reac.pic/spec_2.png"
            ]
    ]
    node [
            id "O"
            graphics
            [
                    image "reac.pic/spec_1.png"
            ]
    ]
    node [
            id "[OH]"
            graphics
            [
                    image "reac.pic/spec_5.png"
            ]
    ]
    edge [
            source "C"
            target "[CH3]"
            weight 1
            LabelGraphics
            [
                    text "[0]"
                    fontSize 32
            ]
    ]
    edge [
            source "C"
            target "O"
            weight 1
            LabelGraphics
            [
                    text "[0]"
                    fontSize 32
            ]
    ]
    edge [
            source "[OH]"
            target "[CH3]"
            weight 1
            LabelGraphics
            [
                    text "[0]"
                    fontSize 32
            ]
    ]
    edge [
            source "[OH]"
            target "O"
            weight 1
            LabelGraphics
            [
                    text "[0]"
                    fontSize 32
            ]
    ]

]

还有一个名为 reac.pic 的文件夹，其中包含一些与此 gml 文件相关的图像。

希望导出如下图片：

我知道一些 Python 软件包（如 Networkx）或 Java 程序（如 Gephi）可能能够根据需要打开 GML 文件。然而，我尝试了很多次都没有成功。如果有人能帮助我，我将不胜感激。非常感谢！

Answer 1

您的图表似乎是分层的，Gephi 已撤回对分层图表的支持，请参阅 here. Apart from that I doubt that the Gephi GML importer will be able to read the linked images. There is a workaround by using a plugin 但仅适用于 Gephi 0.8.2

Answer 2

您发布的图表没有布局。你需要的是额外的软件来将它转换成你发布的数字。正如原始 ChemTraYzer 出版物 (doi: 10.1021/acs.jctc.5b00201) 中所述，yEd 软件做得很好 (https://www.yworks.com/products/yed)。我已经尝试使用一些 python 库来进行布局，但是很难自动获得好看的图形布局。因此，我使用 yEd 的自动布局算法（在这种情况下是分层的）并手动重新排列节点和边缘。

打开 GML（图形建模语言）格式文件的问题

Problems with opening GML(Graph Modelling Language) format file

graph

graphml