从 Shiny App 调用 R 脚本

Question

我开发了一个闪亮的应用程序，它显示了一些动态图表。这些图表是在执行时根据某些按钮的值生成的。这个闪亮的应用程序从以前处理和转换的原始 csv 中获取数据。除了闪亮的应用程序之外，我还得到了一个 Rscript 来处理所有这些 "transformations" 的原始数据。我想做的是从闪亮的应用程序调用这个 Rscript，以便在闪亮的应用程序启动时执行。

我已经检查了这些链接，但根本没有帮助：How can I connect R Script with Shiny app in R? and this one using Source() in Shiny. I checked the Rstudio documentation too: http://shiny.rstudio.com/tutorial/lesson5/。

我认为它应该是这样的，作为 procesadoDatos.R RScript。我只想在开始时执行源命令，以便在闪亮的应用程序启动时加载数据：

 source("procesadoDatos.R",local = TRUE)
 shinyServer(function(input, output,session) {
 (renderplots, reactives elements and so on)}

Rscript 是 server.R 和 UI.R 文件的闪亮项目路径。我也试过包括路径，但它也没有用。

我尝试的另一件事是创建一个进行所有转换的函数，然后在获取它之后从 server.R 文件中调用它：

 source("procesadoDatos.R",local = TRUE) 
 generate_data(ticketsByService_report10.csv)

正在generate_data RScript 中定义此函数:

 generate_data <- function(csv_file) {
 (all those transformation, data frame an so on)}

在所有情况下，我都遇到相同的错误，指出未找到在 RScript 中生成的数据帧。

有谁知道哪里出了问题？提前致谢

Answer 1

闪亮的范围

所有这一切在很大程度上取决于您调用 source() 的确切位置。如果您需要从 UI 和服务器功能中找到数据，请将 source() 放在应用程序之外。

如果将 source() 放在服务器函数中，UI 将无法找到脚本创建的任何对象。如果将它放在渲染函数中，则对象仅在该渲染函数中可见。另见 Scoping rules for Shiny

注意如果您有单独的 server.R 和 ui.R 文件并且您希望 UI 找到脚本创建的对象，您应该将 global.R 文件添加到您的应用程序目录。 source() 命令然后进入 global.R 文件。

一个小例子：

source('testScript.R')

shinyApp(
  fluidPage(
    selectInput("cols", "pick columns",
                 choices = names(x)),
    dataTableOutput("what")),
  function(input, output, session){
    output$what <- renderDataTable(x)
  }
)

和testScript.R包含一行：

x <- iris

这里的关键是：

脚本实际上必须创建这些对象
脚本应该在正确的位置获取。

所以如果你能做到以下几点：

shinyApp(
  fluidPage(
    selectInput("cols", "pick columns",
                 choices = names(x)),
    dataTableOutput("what")),
  function(input, output, session){
    source('testScript.R', local = TRUE)
    output$what <- renderDataTable(x)
  }
)

您收到有关无法找到 x 的错误消息。这很正常，因为 x 现在只在服务器函数的环境中定义。

不过您仍然可以这样做：

shinyApp(
  fluidPage(
    dataTableOutput("what")),
  function(input, output, session){
    source('R/testScript.R', local = TRUE)
    output$what <- renderDataTable(x)
  }
)

请注意 x 仅在服务器函数内部需要，而不是在 UI.

内部

使用函数

对于函数，同样适用。您将函数定义放在脚本中并像以前一样获取它。一个函数就是一个对象，所以脚本实质上创建了一个函数对象，然后可以使用完全相同的范围规则找到它。

请记住，如果您想使用该函数的结果，该函数应该 return 一些东西。所以把这个简单的例子放在 testScript.R:

myfun <- function(x){
  tmp <- iris[x]
  return(tmp)
}

现在您可以执行以下操作：

source('testScript.R', local = TRUE)

shinyApp(
  fluidPage(
    selectInput("cols", "pick columns",
                choices = names(myfun())),
    dataTableOutput("what")),
  function(input, output, session){
    output$what <- renderDataTable(myfun(input$cols))
  }
)

如果将 source() 放在服务器函数中，这将不再起作用。 UI 一方将无法再看到 myfun()。

rm(list = ls())
shinyApp(
  fluidPage(
    selectInput("cols", "pick columns",
                choices = names(myfun())),
    dataTableOutput("what")),
  function(input, output, session){
    source('R/testScript.R', local = TRUE)
    output$what <- renderDataTable(myfun(input$cols))
  }
)
# Error in myfun() : could not find function "myfun"

从 Shiny App 调用 R 脚本

call R script from Shiny App

r

shiny

rscript

闪亮的范围

使用函数