reutils 包中的 esearch：如何指定数据集？

Question

我有一个关于 reutils package 的问题。有一个名为 esearch() 的函数可以让您搜索 GEO 数据库。因此，我输入了将在 GEO 中使用的相同查询：

UIDs <- esearch( term = "METHYLATION PROFILING BY ARRAY[DATASET TYPE]")

但 esearch() 无法识别 DATASET TYPE。

如何将数据集类型指定为 esearch()？

Answer 1

我们需要指定数据库。对于 GEO，那将是 "gds"。 einfo() 给出数据库名称的向量。

UIDs <- esearch(term = "METHYLATION PROFILING BY ARRAY[DATASET TYPE]", db = "gds")

esearch in reutils package: how to specify dataset?