在 Trimmomatic 中是否有滑动 window 的默认值？

Question

如果我在不滑动的情况下发出 AVGQUAL:20 的命令 window 它会为滑动 window 设置任何默认值吗？

Answer 1

如果你查看 trimmmomatic 网站 http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic，你会在那里找到手册。

手册中对 AVGQUAL 说：AVGQUAL: Drop the read if the average quality is below the specified level

因此不需要window，因为这一步总结了所有质量，除以长度并检查是否达到阈值，然后丢弃或保留读数。