R - 如何重新加载功能（或更改包优先级）
R - how to reload function (or change package priority)
我正在使用 Matrix 库处理稀疏矩阵。有时，我需要 运行 一个使用 Bioconductor 包的函数，它依赖于 S4Vectors 库。不幸的是，Matrix 中的 "colSums" 函数与 S4Vectors 中的 "colSums" 函数冲突。因此，当我 运行 这个功能时，它破坏了我的 "colSums" 功能，这真的很烦人。
我知道这个问题有两种常见的解决方案：
1) 在加载 Matrix 库之前 加载 Bioconductor 包 - 然而，我很少使用这个功能，所以我更愿意只在需要时加载 Bioconductor 包。
2) 不要调用 "colSums"，而是调用 "Matrix::colSums" - 然而，这非常不方便，我需要更改我的整个代码库。
理想情况下，我只加载 Bioconductor 包，运行 我的函数，然后通过卸载 Bioconductor 包或重新加载 Matrix 包来清理我的环境。但是，我在做这些时遇到了麻烦。首先，是否可以重新加载 Matrix::colSums（以替换 S4Vectors::colSums）？其次，当我尝试卸载 S4Vectors 时，R 抱怨因为许多其他包依赖于它。
所以除了为什么 S4Vectors 有一个函数与 R 中最常用的稀疏矩阵包冲突这个明显的问题之外，我想知道这个问题的最佳解决方案是什么？简单地重新加载一个包不可能那么困难，对吧？
示例：
library(lubridate)
lubdridate 覆盖日期。弹出一条消息说：以下对象被“package:base”屏蔽：date
但是您仍然可以使用原始日期功能。
base::date()
所以你没有查看加载顺序。只需具体说明您使用的功能。
如您所知，正确的方法是编写 Matrix::colSums。
一个不需要重写代码的简单解决方案是添加一行
colSums <- Matrix::colSums
在您的代码中的某处。然后这个 colSums 属于您的全局环境，因此在任何其他库之前被发现。
编辑
我找到了更好的解决方案。
我将使用 plyr 和 dplyr 进行演示，因为它们都具有 arrange 功能并会导致冲突。
示例 1。 dplyr 稍后加载，因此获胜。
library(plyr)
library(dplyr)
environment(arrange)
# <environment: namespace:dplyr>
示例 2。plyr 获胜
# unload libraries
unloadNamespace("plyr")
unloadNamespace("dplyr")
library(dplyr)
library(plyr)
environment(arrange)
关键是搜索顺序，可以通过search函数找到。
在下面，您可以看到 plyr 出现在 dplyr.
之前
search()
# [1] ".GlobalEnv" "package:plyr" "package:dplyr" "tools:rstudio"
# [5] "package:stats" "package:graphics" "package:grDevices" "package:utils"
# [9] "package:datasets" "package:methods" "Autoloads" "package:base"
示例3.您可以指定要在搜索列表中加载库的位置； pos 参数。
unloadNamespace("plyr")
unloadNamespace("dplyr")
library(plyr)
library(dplyr, pos=length(search()))
environment(arrange)
# <environment: namespace:plyr>
search()
# [1] ".GlobalEnv" "package:plyr" "tools:rstudio" "package:stats"
# [5] "package:graphics" "package:grDevices" "package:utils" "package:datasets"
# [9] "package:methods" "Autoloads" "package:dplyr" "package:base"
总之，您可以加载 Bioconductor 库并提供一个大数字 pos。
也就是说，您说 Bioconductor 取决于 S4Vector 而 S4Vector 是导致冲突的原因。不幸的是，您无法直接控制依赖包的位置，因为 require 语句在 Bioconductor 包中。
解决方法是先使用 pos 选项加载 S4Vector，然后加载 Bioconductor:
library(S4Vector, pos=10) # replace 10 by an appropriate large number
library(Bioconductor)
那么，S4Vector将被放在搜索顺序的Matrix之后。
另一种解决方案
如果你想重新加载Matrix，那么你也可以这样做：
library(dplyr)
library(plyr)
environment(arrange)
# <environment: namespace:plyr>
unloadNamespace("dplyr")
library(dplyr)
environment(arrange)
# <environment: namespace:dplyr>
我正在使用 Matrix 库处理稀疏矩阵。有时，我需要 运行 一个使用 Bioconductor 包的函数，它依赖于 S4Vectors 库。不幸的是，Matrix 中的 "colSums" 函数与 S4Vectors 中的 "colSums" 函数冲突。因此，当我 运行 这个功能时，它破坏了我的 "colSums" 功能，这真的很烦人。
我知道这个问题有两种常见的解决方案： 1) 在加载 Matrix 库之前 加载 Bioconductor 包 - 然而，我很少使用这个功能，所以我更愿意只在需要时加载 Bioconductor 包。 2) 不要调用 "colSums"，而是调用 "Matrix::colSums" - 然而，这非常不方便，我需要更改我的整个代码库。
理想情况下，我只加载 Bioconductor 包，运行 我的函数，然后通过卸载 Bioconductor 包或重新加载 Matrix 包来清理我的环境。但是，我在做这些时遇到了麻烦。首先，是否可以重新加载 Matrix::colSums（以替换 S4Vectors::colSums）？其次，当我尝试卸载 S4Vectors 时，R 抱怨因为许多其他包依赖于它。
所以除了为什么 S4Vectors 有一个函数与 R 中最常用的稀疏矩阵包冲突这个明显的问题之外，我想知道这个问题的最佳解决方案是什么？简单地重新加载一个包不可能那么困难，对吧？
示例：
library(lubridate)
lubdridate 覆盖日期。弹出一条消息说：以下对象被“package:base”屏蔽：date 但是您仍然可以使用原始日期功能。
base::date()
所以你没有查看加载顺序。只需具体说明您使用的功能。
如您所知，正确的方法是编写 Matrix::colSums。
一个不需要重写代码的简单解决方案是添加一行
colSums <- Matrix::colSums
在您的代码中的某处。然后这个 colSums 属于您的全局环境，因此在任何其他库之前被发现。
编辑
我找到了更好的解决方案。
我将使用 plyr 和 dplyr 进行演示，因为它们都具有 arrange 功能并会导致冲突。
示例 1。 dplyr 稍后加载，因此获胜。
library(plyr)
library(dplyr)
environment(arrange)
# <environment: namespace:dplyr>
示例 2。plyr 获胜
# unload libraries
unloadNamespace("plyr")
unloadNamespace("dplyr")
library(dplyr)
library(plyr)
environment(arrange)
关键是搜索顺序，可以通过search函数找到。
在下面，您可以看到 plyr 出现在 dplyr.
search()
# [1] ".GlobalEnv" "package:plyr" "package:dplyr" "tools:rstudio"
# [5] "package:stats" "package:graphics" "package:grDevices" "package:utils"
# [9] "package:datasets" "package:methods" "Autoloads" "package:base"
示例3.您可以指定要在搜索列表中加载库的位置； pos 参数。
unloadNamespace("plyr")
unloadNamespace("dplyr")
library(plyr)
library(dplyr, pos=length(search()))
environment(arrange)
# <environment: namespace:plyr>
search()
# [1] ".GlobalEnv" "package:plyr" "tools:rstudio" "package:stats"
# [5] "package:graphics" "package:grDevices" "package:utils" "package:datasets"
# [9] "package:methods" "Autoloads" "package:dplyr" "package:base"
总之，您可以加载 Bioconductor 库并提供一个大数字 pos。
也就是说，您说 Bioconductor 取决于 S4Vector 而 S4Vector 是导致冲突的原因。不幸的是，您无法直接控制依赖包的位置，因为 require 语句在 Bioconductor 包中。
解决方法是先使用 pos 选项加载 S4Vector，然后加载 Bioconductor:
library(S4Vector, pos=10) # replace 10 by an appropriate large number
library(Bioconductor)
那么，S4Vector将被放在搜索顺序的Matrix之后。
另一种解决方案
如果你想重新加载Matrix，那么你也可以这样做：
library(dplyr)
library(plyr)
environment(arrange)
# <environment: namespace:plyr>
unloadNamespace("dplyr")
library(dplyr)
environment(arrange)
# <environment: namespace:dplyr>