在包中使用 cbind、rbind 和 s4 类的正确方法

Question

我已经使用 S4 类编写了一个程序包，并希望将函数 rbind、cbind 与这些已定义的函数一起使用类。

由于似乎无法将 rbind 和 cbind 直接定义为 S4 方法，因此我定义了 rbind2 和 cbind2：

setMethod("rbind2", signature(x="ClassA", y = "ANY"), 
    function(x, y) {
      # Do stuff ...
})

setMethod("cbind2", signature(x="ClassA", y = "ANY"), 
    function(x, y) {
      # Do stuff ...
})

从?cbind2了解到这些功能需要使用methods:::bind_activation来激活，以替换base中的rbind和cbind。

我使用 .onLoad 函数将调用包含在包文件 R/zzz.R 中：

.onLoad <- function(...) {
  # Bind activation of cbind(2) and rbind(2) for S4 classes
  methods:::bind_activation(TRUE)
}

这按预期工作。但是，运行 R CMD 检查我现在收到以下注释，因为我在方法中使用了未导出的函数：

* checking dependencies in R code ... NOTE
Unexported object imported by a ':::' call: 'methods:::bind_activation'
  See the note in ?`:::` about the use of this operator.

如何去掉 NOTE 以及在包中为 S4 类定义方法 cbind 和 rbind 的正确方法是什么？

Answer 1

我认为基本上 Matrix 包中的 cBind 帮助页面在历史上是准确的，但最近不是。这是 class

.A = setClass("A", representation(x="numeric"))

没有通用的，所以创建一个，根据“...”参数进行调度（参见?setMethod 和?dotsMethods）

getGeneric("cbind")
## NULL
setGeneric("cbind", signature="...")
## Creating a new generic function for 'cbind' in the global environment

然后实现一个方法

setMethod("cbind", "A", function(..., deparse.level=1) "cbind,A-method")
## [1] "cbind"

终于用上了

> cbind(.A(), .A())
[1] "cbind,A-method"

这很好，只要“...”参数相同（可能派生）class，这通常就足够了。

> cbind(.A(), integer())
     [,1]
[1,] ?

我相信 bind_activation() 具有全球影响，而不仅仅是在您的包裹中发货；应该避免使用它（例如，它不再用于 Matrix 包中）。

此外，我认为这已在 R-devel 中更新

r67699 | lawrence | 2015-02-01 10:13:23 -0800 (Sun, 01 Feb 2015) | 4 lines

cbind/rbind now delegate recursively to cbind2 (rbind2) when at least one argument is an S4 object and S3 dispatch fails; also consider S4 inheritance during S3 dispatch in the *bind functions.

在包中使用 cbind、rbind 和 s4 类的正确方法

Proper way to use cbind, rbind with s4 classes in package

r

package

s4

在包中使用 cbind、rbind 和 s4 类 的正确方法

Proper way to use cbind, rbind with s4 classes in package

r

package

s4

在包中使用 cbind、rbind 和 s4 类的正确方法