SPARQL 查询 subclasses 的首选名称及其最高 class

Question

我是 SPARQL 的新手。我想获得 classes 的首选名称及其上层 classes 以及它们在 Radlex ontology, as hosted at BioPortal.

中的同义词

以及我想看到的输出： output

Term：等密度 subClassOf: 密度描述符 同义词: isodens, equal-density,isodense

看起来，下面的代码解决了我的问题，但仍然需要一些修改。因为，它把所有的上层 classes 都带走了，但我只想要一个上层 class.

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>

SELECT DISTINCT  ?concept ?subClassOf
WHERE
{ GRAPH <http://bioportal.bioontology.org/ontologies/RADLEX_OWL>
  { ?term  a <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#radlex_metaclass> ;
        <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#Preferred_name>  ?concept
  }
  ?term rdfs:subClassOf ?upperClass. 
  ?upperClass <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#Preferred_name>  ?subClassOf.
} LIMIT 10 OFFSET 10

Answer 1

看起来您的主要困难之一是找到从哪里开始，或者如何指定 Radlex 子classes 的根。

我没有使用 Radlex 的经验，而且我最近也没有使用过 Bioportal。当我在 Protege 中打开 Radlex ontology 时，它的 class 层次结构对我来说看起来很合理。但 Bioportal 终点的结果令人惊讶。

例如，RID5635 "coin" 是 RID5633 "personal item" 的子 class，并且是 radlex_metaclass 的实例，但不是 owl:Class 的实例，正如我期望使用 OBO 铸造本体。看起来并不是所有的 Radlex subclasses 都来自 radlex_metaclass，所以这使得使用单个三重模式获取所有 subclasses 变得更加棘手

?s a owl:Class

看起来 Bioportal 端点也不支持 RDFS 属性路径，所以我们不能请求

?s a rdfs:subClassOf* <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID1>

因此，我不能保证这个查询 returns Radlex 中的所有子 classes...只是 [=] 的所有直接子classes 42=]

最后，正如 AKSW 指出的那样，http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl# 是 ontology 的名称，而不是超级 class。它没有 subclasses 并且不是我在这个答案顶部描述的根查找问题的解决方案。

我添加了一个命名图限制，但这可能没有做任何尚未通过请求 http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#radlex_metaclass 个实例完成的事情。

SELECT DISTINCT  *
WHERE
  { GRAPH <http://bioportal.bioontology.org/ontologies/RADLEX_OWL>
      { ?radlexclass  a <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#radlex_metaclass> ;
            <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#Preferred_name>  ?prefName
      }
  }

给出这样的结果

+------------------------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+
|                              radlexclass                               |                              prefName                               |
+------------------------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID19012> | "posterior root of left first sacral nerve"                         |
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID23593> | "nerve to third posterior cervical intertransversarius"             |
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID11053> | "hydrophilic wire"                                                  |
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID5825>  | "right"                                                             |
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID18947> | "posterior root of sixth cervical nerve"                            |
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID16116> | "set of short association fibers of telencephalon"                  |
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID23701> | "left third thoracic nerve"                                         |
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID23274> | "ascending branch of meningeal branch of right second sacral nerve" |
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID25244> | "right intermediomedial nucleus"                                    |
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID5699>  | "coalescent"                                                        |
+------------------------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+

等等

Answer 2

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX radlex: <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwlDlComponent#>

SELECT DISTINCT ?term ?name ?synonym ?subClassOf ?subClassOf_name
FROM <http://bioportal.bioontology.org/ontologies/RID>
WHERE
{
 ?term radlex:Preferred_name ?name .
 ?term radlex:Synonym ?synonym .
 ?term rdfs:subClassOf ?subClassOf .
 ?subClassOf radlex:Preferred_name ?subClassOf_name
} LIMIT 10

SPARQL 查询 subclasses 的首选名称及其最高 class

SPARQL query for preferred names of subclasses and their one top upper class

rdf

ontology

sparql