R v3.4.0-2 无法在 Arch 上找到 libgfortran.so.3
R v3.4.0-2 unable to find libgfortran.so.3 on Arch
我刚刚休假一个月所以无法说出这件事发生的确切时间，但是 R 来自官方 Arch 仓库的 R 现在无法启动，引用
/usr/lib64/R/bin/exec/R: error while loading shared libraries:
libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
我认为可能是某个符号链接放置不当或被破坏了，所以我查看了 /usr/lib 试图找到它：
ls -halt /usr/lib/libgfortran.so.*
lrwxrwxrwx 1 root root 20 May 16 03:01 /usr/lib/libgfortran.so.4 -> libgfortran.so.4.0.0
-rwxr-xr-x 1 root root 7.1M May 16 03:01 /usr/lib/libgfortran.so.4.0.0
Arch 中 libfortran.so.3 是否已被 libgfortran.so.4 取代？如果是这样，是否有任何可能的解决方法可以使旧版本的 R 变为 运行？
pacman -Qi r
Name : r
Version : 3.4.0-2
Description : Language and environment for statistical computing and graphics
Architecture : x86_64
URL : http://www.r-project.org/
Licenses : GPL
Groups : None
Provides : None
Depends On : blas lapack bzip2 libpng libjpeg libtiff ncurses pcre readline zlib perl gcc-libs libxt libxmu pango xz desktop-file-utils zip unzip
Optional Deps : tk: tcl/tk interface [installed]
texlive-bin: latex sty files [installed]
Required By : None
Optional For : graphviz
Conflicts With : None
Replaces : None
Installed Size : 58.04 MiB
Packager : Evangelos Foutras <evangelos@foutrelis.com>
Build Date : Tue 25 Apr 2017 05:04:31 AM EDT
Install Date : Tue 20 Jun 2017 12:27:06 PM EDT
Install Reason : Explicitly installed
Install Script : No
Validated By : Signature
编辑：如果其他人遇到此问题，r-devel AUR 会正确编译并 运行s，因此希望在下一个版本中该问题将得到解决。
确实，gfortran 7 将 ligfortran 版本提升到了版本 4。请参阅 http://gcc.1065356.n8.nabble.com/patch-fortran-PR77828-Linking-gfortran-7-compiled-program-with-libgfortran-of-5-x-allowed-but-crashes-td1311625.html 它不向后兼容，并且某些 API 已更改。
如果您安装旧版本的 gfortran，您将获得 libgfortran.so.3。在你的系统中有多个版本是完全没问题的。也许有一种方法可以为第 4 版重建 R，但它可能需要更多工作。查看其他答案如何重建软件
我在开发一个名为 pyferret 的软件，它需要 libgfortran.so.3。我是 运行 fedora 27，它的包管理器默认安装 gfort运行 7（更高版本）。这会在 /usr/lib64 中生成共享对象 libgfortran.so.4。另一个Linux系统运行Ubuntu16.04.3，不过有libgfortran.so.3。我将它复制到我的系统中 ~/pkgs/libs 和 运行 应用程序作为
export LD_PRELOAD=/home/vasu/pkgs/libs/libgfortran.so.3:/home/vasu/pkgs/libs/libopenblas.so.0;pyferret
这没有出现上述错误。
R 中有许多依赖于 GCC Fortran 的包。其中一些尚未更新以针对新的 GCC 进行编译，而一些依赖于这些的软件包已更新，deldir 和 robustbase 就是两个例子。
检查您的警告并安装任何无法加载的软件包，然后执行升级。
问题可能来自一些在 GCC 更新后没有重建的 AUR 包。就我个人而言，可能是包 openblas-lapack 搞砸了（参见 https://bbs.archlinux.org/viewtopic.php?id=236900）。 所以可能不需要安装任何旧版本的 GCC。
我所做的是：
- 更新我所有的 AUR 包 (
yaourt -Syua)
- 然后重建 R (
pacman -S r)
又成功了。
我不能肯定 Arch-Linux，但是 apt 上的 apt 标准回购集中包含多个版本的 gfortran 库22=]。
当更改为 18.04 (LTS) 时，我必须安装以前的版本以及库的默认版本 4。
对我来说，以下命令解决了这个问题：
sudo apt-get install libgfortran3
如果您的包有一段时间没有维护，那么在 R 中重建所有包可能无法解决问题，就像我的情况一样。
每当 libgfortran 收到不兼容的 soname 碰撞时，这个问题就会定期发生，主要是因为在 R 世界中，blas/lapack 被 AUR 的替代实现所取代是很常见的。
这里要注意的重要一点是实际上并不是 R 有错误。
这里的小免责声明：我在这里与我的官方 Arch Linux bugwrangler hat 交谈，这就是我试图追踪此类问题的方式。 （这也是我检查错误报告是否应该因无效而关闭的方式。）
使用我的得心应手的 Arch Linux bugwrangler 实用工具 pkg-list-linked-libraries（它按照锡罐上的说明进行操作）：
$ pkg-list-linked-libraries r libgfortran.so
==> checking linked libraries for r-3.5.1-2-x86_64.pkg.tar.xz ...
==> ERROR: No file in r-3.5.1-2-x86_64.pkg.tar.xz is linked to libgfortran.so
那么，如果它不是来自 R 本身，它是从哪里来的？使用工具 lddtree（来自 pax-utils）不仅显示可执行文件所需的库（就像 ldd 那样），而且还以树格式向您显示 为什么 需要他们：
$ lddtree /usr/lib/R/bin/exec/R
/usr/lib/R/bin/exec/R (interpreter => /lib64/ld-linux-x86-64.so.2)
libR.so => /usr/lib/R/lib/libR.so
libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3
libgfortran.so.5 => /usr/lib/libgfortran.so.5
libquadmath.so.0 => /usr/lib/libquadmath.so.0
libgcc_s.so.1 => /usr/lib/libgcc_s.so.1
libm.so.6 => /usr/lib/libm.so.6
libreadline.so.7 => /usr/lib/libreadline.so.7
libncursesw.so.6 => /usr/lib/libncursesw.so.6
libpcre.so.1 => /usr/lib/libpcre.so.1
liblzma.so.5 => /usr/lib/liblzma.so.5
libbz2.so.1.0 => /usr/lib/libbz2.so.1.0
libz.so.1 => /usr/lib/libz.so.1
libtirpc.so.3 => /usr/lib/libtirpc.so.3
libgssapi_krb5.so.2 => /usr/lib/libgssapi_krb5.so.2
libkrb5support.so.0 => /usr/lib/libkrb5support.so.0
libkeyutils.so.1 => /usr/lib/libkeyutils.so.1
libresolv.so.2 => /usr/lib/libresolv.so.2
libkrb5.so.3 => /usr/lib/libkrb5.so.3
libk5crypto.so.3 => /usr/lib/libk5crypto.so.3
libcom_err.so.2 => /usr/lib/libcom_err.so.2
librt.so.1 => /usr/lib/librt.so.1
libdl.so.2 => /usr/lib/libdl.so.2
libicuuc.so.62 => /usr/lib/libicuuc.so.62
libicudata.so.62 => /usr/lib/libicudata.so.62
libstdc++.so.6 => /usr/lib/libstdc++.so.6
libicui18n.so.62 => /usr/lib/libicui18n.so.62
libgomp.so.1 => /usr/lib/libgomp.so.1
libpthread.so.0 => /usr/lib/libpthread.so.0
libc.so.6 => /usr/lib/libc.so.6
这里的相关位是开头：
/usr/lib/R/bin/exec/R (interpreter => /lib64/ld-linux-x86-64.so.2)
libR.so => /usr/lib/R/lib/libR.so
libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3
libgfortran.so.5 => /usr/lib/libgfortran.so.5
如果我删除 libgfortran 库，因为这是一个测试 chroot，我不在乎它会发生什么，我看到：
/usr/lib/R/bin/exec/R (interpreter => /lib64/ld-linux-x86-64.so.2)
libR.so => /usr/lib/R/lib/libR.so
libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3
libgfortran.so.5 => None
这清楚地表明 libblas.so 发现错误 libgfortran.so，从那里你可以检查哪个 pacman 包拥有损坏的 libblas.so -- 如果它是一个真正的官方仓库包，然后你可以报告一个错误来修复它，如果没有，那么现在你知道要自己重新编译哪个 AUR 包了。
我刚刚休假一个月所以无法说出这件事发生的确切时间，但是 R 来自官方 Arch 仓库的 R 现在无法启动，引用
/usr/lib64/R/bin/exec/R: error while loading shared libraries:
libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
我认为可能是某个符号链接放置不当或被破坏了，所以我查看了 /usr/lib 试图找到它：
ls -halt /usr/lib/libgfortran.so.*
lrwxrwxrwx 1 root root 20 May 16 03:01 /usr/lib/libgfortran.so.4 -> libgfortran.so.4.0.0
-rwxr-xr-x 1 root root 7.1M May 16 03:01 /usr/lib/libgfortran.so.4.0.0
Arch 中 libfortran.so.3 是否已被 libgfortran.so.4 取代？如果是这样，是否有任何可能的解决方法可以使旧版本的 R 变为 运行？
pacman -Qi r
Name : r
Version : 3.4.0-2
Description : Language and environment for statistical computing and graphics
Architecture : x86_64
URL : http://www.r-project.org/
Licenses : GPL
Groups : None
Provides : None
Depends On : blas lapack bzip2 libpng libjpeg libtiff ncurses pcre readline zlib perl gcc-libs libxt libxmu pango xz desktop-file-utils zip unzip
Optional Deps : tk: tcl/tk interface [installed]
texlive-bin: latex sty files [installed]
Required By : None
Optional For : graphviz
Conflicts With : None
Replaces : None
Installed Size : 58.04 MiB
Packager : Evangelos Foutras <evangelos@foutrelis.com>
Build Date : Tue 25 Apr 2017 05:04:31 AM EDT
Install Date : Tue 20 Jun 2017 12:27:06 PM EDT
Install Reason : Explicitly installed
Install Script : No
Validated By : Signature
编辑：如果其他人遇到此问题，r-devel AUR 会正确编译并 运行s，因此希望在下一个版本中该问题将得到解决。
确实，gfortran 7 将 ligfortran 版本提升到了版本 4。请参阅 http://gcc.1065356.n8.nabble.com/patch-fortran-PR77828-Linking-gfortran-7-compiled-program-with-libgfortran-of-5-x-allowed-but-crashes-td1311625.html 它不向后兼容，并且某些 API 已更改。
如果您安装旧版本的 gfortran，您将获得 libgfortran.so.3。在你的系统中有多个版本是完全没问题的。也许有一种方法可以为第 4 版重建 R，但它可能需要更多工作。查看其他答案如何重建软件
我在开发一个名为 pyferret 的软件，它需要 libgfortran.so.3。我是 运行 fedora 27，它的包管理器默认安装 gfort运行 7（更高版本）。这会在 /usr/lib64 中生成共享对象 libgfortran.so.4。另一个Linux系统运行Ubuntu16.04.3，不过有libgfortran.so.3。我将它复制到我的系统中 ~/pkgs/libs 和 运行 应用程序作为
export LD_PRELOAD=/home/vasu/pkgs/libs/libgfortran.so.3:/home/vasu/pkgs/libs/libopenblas.so.0;pyferret
这没有出现上述错误。
R 中有许多依赖于 GCC Fortran 的包。其中一些尚未更新以针对新的 GCC 进行编译，而一些依赖于这些的软件包已更新，deldir 和 robustbase 就是两个例子。
检查您的警告并安装任何无法加载的软件包，然后执行升级。
问题可能来自一些在 GCC 更新后没有重建的 AUR 包。就我个人而言，可能是包 openblas-lapack 搞砸了（参见 https://bbs.archlinux.org/viewtopic.php?id=236900）。 所以可能不需要安装任何旧版本的 GCC。
我所做的是：
- 更新我所有的 AUR 包 (
yaourt -Syua) - 然后重建 R (
pacman -S r)
又成功了。
我不能肯定 Arch-Linux，但是 apt 上的 apt 标准回购集中包含多个版本的 gfortran 库22=]。
当更改为 18.04 (LTS) 时，我必须安装以前的版本以及库的默认版本 4。
对我来说，以下命令解决了这个问题：
sudo apt-get install libgfortran3
如果您的包有一段时间没有维护，那么在 R 中重建所有包可能无法解决问题，就像我的情况一样。
每当 libgfortran 收到不兼容的 soname 碰撞时，这个问题就会定期发生，主要是因为在 R 世界中，blas/lapack 被 AUR 的替代实现所取代是很常见的。
这里要注意的重要一点是实际上并不是 R 有错误。
这里的小免责声明：我在这里与我的官方 Arch Linux bugwrangler hat 交谈，这就是我试图追踪此类问题的方式。 （这也是我检查错误报告是否应该因无效而关闭的方式。）
使用我的得心应手的 Arch Linux bugwrangler 实用工具 pkg-list-linked-libraries（它按照锡罐上的说明进行操作）：
$ pkg-list-linked-libraries r libgfortran.so
==> checking linked libraries for r-3.5.1-2-x86_64.pkg.tar.xz ...
==> ERROR: No file in r-3.5.1-2-x86_64.pkg.tar.xz is linked to libgfortran.so
那么，如果它不是来自 R 本身，它是从哪里来的？使用工具 lddtree（来自 pax-utils）不仅显示可执行文件所需的库（就像 ldd 那样），而且还以树格式向您显示 为什么 需要他们：
$ lddtree /usr/lib/R/bin/exec/R
/usr/lib/R/bin/exec/R (interpreter => /lib64/ld-linux-x86-64.so.2)
libR.so => /usr/lib/R/lib/libR.so
libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3
libgfortran.so.5 => /usr/lib/libgfortran.so.5
libquadmath.so.0 => /usr/lib/libquadmath.so.0
libgcc_s.so.1 => /usr/lib/libgcc_s.so.1
libm.so.6 => /usr/lib/libm.so.6
libreadline.so.7 => /usr/lib/libreadline.so.7
libncursesw.so.6 => /usr/lib/libncursesw.so.6
libpcre.so.1 => /usr/lib/libpcre.so.1
liblzma.so.5 => /usr/lib/liblzma.so.5
libbz2.so.1.0 => /usr/lib/libbz2.so.1.0
libz.so.1 => /usr/lib/libz.so.1
libtirpc.so.3 => /usr/lib/libtirpc.so.3
libgssapi_krb5.so.2 => /usr/lib/libgssapi_krb5.so.2
libkrb5support.so.0 => /usr/lib/libkrb5support.so.0
libkeyutils.so.1 => /usr/lib/libkeyutils.so.1
libresolv.so.2 => /usr/lib/libresolv.so.2
libkrb5.so.3 => /usr/lib/libkrb5.so.3
libk5crypto.so.3 => /usr/lib/libk5crypto.so.3
libcom_err.so.2 => /usr/lib/libcom_err.so.2
librt.so.1 => /usr/lib/librt.so.1
libdl.so.2 => /usr/lib/libdl.so.2
libicuuc.so.62 => /usr/lib/libicuuc.so.62
libicudata.so.62 => /usr/lib/libicudata.so.62
libstdc++.so.6 => /usr/lib/libstdc++.so.6
libicui18n.so.62 => /usr/lib/libicui18n.so.62
libgomp.so.1 => /usr/lib/libgomp.so.1
libpthread.so.0 => /usr/lib/libpthread.so.0
libc.so.6 => /usr/lib/libc.so.6
这里的相关位是开头：
/usr/lib/R/bin/exec/R (interpreter => /lib64/ld-linux-x86-64.so.2)
libR.so => /usr/lib/R/lib/libR.so
libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3
libgfortran.so.5 => /usr/lib/libgfortran.so.5
如果我删除 libgfortran 库，因为这是一个测试 chroot，我不在乎它会发生什么，我看到：
/usr/lib/R/bin/exec/R (interpreter => /lib64/ld-linux-x86-64.so.2)
libR.so => /usr/lib/R/lib/libR.so
libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3
libgfortran.so.5 => None
这清楚地表明 libblas.so 发现错误 libgfortran.so，从那里你可以检查哪个 pacman 包拥有损坏的 libblas.so -- 如果它是一个真正的官方仓库包，然后你可以报告一个错误来修复它，如果没有，那么现在你知道要自己重新编译哪个 AUR 包了。