不知道为什么我会收到 StopIteration 错误

Question

我正在编写一个从文件接收输入的程序，每行可能包含 "ATG" 或 "GTG"，我很确定我所做的一切都是正确的去做。这是我第一次在 python 中使用生成器，在研究了这个问题之后，我仍然不知道为什么我会停止迭代。为此，我的生成器必须生成一个元组，其中包含在每个字符串中找到的 ATG 或 GTG 的起始位置。

import sys

import p3mod


gen = p3mod.find_start_positions()
gen.send(None)   # prime the generator

with open(sys.argv[1]) as f:
    for line in f:
        (seqid,seq) = line.strip().lower().split()
        slocs = gen.send(seq)
        print(seqid,slocs,"\n")

gen.close()  ## added to be more official

这是生成器

def find_start_positions (DNAstr = ""):

    DNAstr = DNAstr.upper()

    retVal = ()
    x = 0
    loc = -1

    locations = []

    while (x + 3) < len(DNAstr):

        if (DNAst[x:x+3] is "ATG" or DNAstr[x:x+3] is "GTG" ):
            loc = x

        if loc is not -1:
            locations.append(loc)

        loc = -1

    yield (tuple(locations))

这是错误：

Traceback (most recent call last):
  File "p3rmb.py", line 12, in <module>
    slocs = gen.send(seq)
StopIteration

Answer 1

您制作了一个 returns 一次性生成所有数据的生成器。您应该在每次迭代中产生数据。此代码可能并不完美，但它可能会解决您的部分问题：

def find_start_positions (DNAstr = ""):
    DNAstr = DNAstr.upper()

    x = 0
    loc = -1

    while x + 3 < len(DNAstr):
        if DNAst[x:x+3] == "ATG" or DNAstr[x:x+3] == "GTG" :
            loc = x

        if loc is not -1:
            yield loc

        loc = -1

StopIteration 不是错误。这是生成器发出信号表明它耗尽了所有数据的方式。您只需要 "try except" 它或在已经为您完成的 forloop 中使用您的生成器。尽管它们并不那么复杂，但可能需要一些时间来适应这些 "weird" 错误。 ;)

Answer 2

您的生成器在其整个生命周期中 return 只有一个值。它遍历 while 循环，一举找到整个列表中的所有 locations 和 return。因此，当您第二次调用 send 时，您已经耗尽了生成器的操作。

您需要弄清楚您对每次调用 send 的期望；配置你的循环以产生那么多，然后 yield 结果......并为将来的 send 调用继续这样做。您的 yield 语句必须在循环内才能正常工作。

Jayme 在他的回答中给了你一个很好的例子。

Answer 3

有一个内置的 find() 函数可以在给定的字符串中查找子字符串。这里真的需要发电机吗？

相反，您可以尝试：

import sys

with open(sys.argv[1]) as f:
    text = f.read()

for i, my_string in enumerate(text.strip().lower().split()):
    atg_index = my_string.find('atg')
    gtg_index = my_string.find('gtg')
    print(i, atg_index, gtg_index, my_string)

Answer 4

def find_start_positions (DNAstr = ""):
    DNAstr = DNAstr.upper()

    x = 0
    loc = -1

    while x + 3 < len(DNAstr):
        if DNAst[x:x+3] == "ATG" or DNAstr[x:x+3] == "GTG" :
            loc = x

        if loc is not -1:
            yield loc

        loc = -1

不知道为什么我会收到 StopIteration 错误

Don't know why I am getting StopIteration error

python

generator

stopiteration