如何将 java class 加载到 HPC？

Question

我是 HPC 计算的新手。我正在尝试通过 HPC 运行一个 m 文件。在我的代码中，我需要连接一个 oracle 数据库。所以相关代码部分如下：

javaaddpath('ojdbc6.jar');
javaaddpath('orai18n.jar');
javaaddpath('ojdl.jar');

conn=database('bdb','USER','PASSW','oracle.jdbc.driver.OracleDriver','HOST_NAME');

我已经将相关的jar文件粘贴到相关文件夹并加载了Java/1.7.0_51。此外，当我在 HPC 中使用 GUI 时，我可以连接到数据库。但是，当我尝试通过作业运行它时，出现如下错误：

{Undefined variable "com" or class
"com.mathworks.jmi.ClassLoaderManager.getClassLoaderManager".

Error in javaclasspath>local_javapath (line 132)
jloader = com.mathworks.jmi.ClassLoaderManager.getClassLoaderManager;

Error in javaclasspath (line 68)
  p = local_javapath('-dynamic');

Error in javaaddpath (line 71)


javaclasspath( p, javaclasspath );

Error in amk (line 1)
javaaddpath('ojdbc6.jar');

}

那么我该如何处理这个问题呢？

Answer 1

这是我之前的 bash 文件：

#!/bin/bash -l

# The name of your job (used in mail, outputfile, showq,...)
#PBS -N matlab_test_job

# Set the correct environment for matlab
module load matlab

# Go into the directory from where 'qsub' was run
cd $PBS_O_WORKDIR

# Start matlab, specify the correct command-file ...
matlab -nojvm -nodisplay -r amk

当需要调用java class时，使用-nojvm选项启动MATLAB会阻碍相关jar文件的使用。因此，当我删除 -nojvm 选项时，我的代码有效..

如何将 java class 加载到 HPC？

How to load a java class to HPC?

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jar

hpc