计算iGraph中边的地理距离

Question

我有 iGraph 对象中每个顶点的地理坐标。现在我想计算现有边之间的距离。

library(igraph)
library(ggmap)
library(geosphere)

g <- graph.ring(6)
V(grph)$postcode <- c("Johannesburg 2017", 
                  "Rondebosch 8000",
                  "Durban 4001", 
                  "Pietermaritzburg 3201", 
                  "Jeffreys Bay 6330", 
                  "Pretoria 0001" )

postcode_df <- geocode(V(g)$postcode, sensor = FALSE, 
                       output = "latlon", source = "google")

V(g)$coordinate <- split(postcode_df, 1:nrow(postcode_df))

V(g)$coordinate[1]
[[1]]
       lon       lat
1 28.03837 -26.18825

我想使用这种通用方法计算距离：

el <- get.edgelist(g, names=FALSE)
E(g)$distance <- distHaversine(V(g)$coordinate[[el[,1]]],V(g)$coordinate[[el[,2]]])

问题是V(g)$坐标中的经度和纬度不能这样引用。我在第 3 级遇到递归索引失败。显然我不能将一个数据帧的索引嵌套在另一个数据帧中。

str(V(g)$coordinate)
List of 6
 $ :'data.frame':   1 obs. of  2 variables:
  ..$ lon: num 28
  ..$ lat: num -26.2
 $ :'data.frame':   1 obs. of  2 variables:
  ..$ lon: num 28.3
  ..$ lat: num -25.8
 $ :'data.frame':   1 obs. of  2 variables:
  ..$ lon: num 31
  ..$ lat: num -29.8
 $ :'data.frame':   1 obs. of  2 variables:
  ..$ lon: num 30.4
  ..$ lat: num -29.7
 $ :'data.frame':   1 obs. of  2 variables:
  ..$ lon: num 24.9
  ..$ lat: num -34.1
 $ :'data.frame':   1 obs. of  2 variables:
  ..$ lon: num 28.2
  ..$ lat: num -25.7

计算两点之间距离的一般方法是

distHaversine(p1, p2, r=6378137).

p1 由 el[1] 定义，p2 由 el[2] 定义。 el[1:2]指的是g中的顶点号。所以我需要提取对应于el[1]和el[2]的V(g)$坐标。建议将不胜感激。

Answer 1

这里有一个问题，因为 split 正在返回一个数据帧，我们可以通过以下方式解决这个问题：

V(g)$coordinate <- lapply(split(postcode_df, 1:nrow(postcode_df)), unlist)

然后你基本上需要遍历两个列表，每个顶点的坐标。

purrr 的 map2 很容易做到这一点。

library(purrr)
el <- get.edgelist(g, names=FALSE)
E(g)$distance <- unlist(map2(V(g)$coordinate[el[,1]], V(g)$coordinate[el[,2]], distHaversine))

计算iGraph中边的地理距离

Calculating geographic distance of edge in iGraph

r

igraph

ggmap

geosphere