使用 pheatmap 时列标签被裁剪

Question

我正在使用 pheatmap (Documentation) 绘制热图。我正在以一种相当直接的方式绘制矩阵：

pheatmap(mat, annotation_col=df, labels_col=rld$Infection_Line, fontsize_row=5, fontsize_col=7)

我的图表底部被截断了，所以我看不到底部的列名。它看起来像这样：

请注意，这不是 heatmap.2。

我已经尝试了 this question and at this question 中的解决方案，以及我能够通过 google 和此功能的文档找到的其他内容。

我尝试使用 par() 和 oma() 以及 cexRow 来增加边距。

margins=(x,y); par(mar=c(1,2,3,4)); par(oma=c(1,2,3,4))

对剧情没有影响。

我需要这样做，这样我就可以看到这些长列名称，而不会减小我的绘图大小。我只想将底部的边距拉长。

Answer 1

我想通了，希望将来如果有人遇到这个问题，它会有所帮助。

当您使用 pheatmap 的 labels_col= 参数时会发生这种情况。在我的场景中，这是一个使用 DESeq2 的 RNA-seq 项目，有一个目标文件标识样本（列），但对于我的列标签，我使用了不同的列，因此标签更容易理解，所以我使用

labels_col=myThing$ThisOtherColumn

另一列实际上是一个包含字符和数字的字符串，但出于某种原因被读取为整数向量。所以解决方案是做

as.character(myThing$ThisOtherColumn)

只要你给labels_col一个字符向量，它就会自动调整列。

Answer 2

pheatmap 使用网格图形，因此像 par() 这样的基本图形函数不会产生影响。我发现手动调整参数 cellheight 和 cellwidth 有助于调整页面上热图的整体大小。或者以某种方式调整边距。

library(pheatmap)
dfr <- as.data.frame(t(data.frame(x=runif(10),y=runif(10),z=runif(10))))
md <- data.frame(cat1=sample(x=letters[1:4],10,replace=T),cat2=sample(x=letters[6:7],10,replace=T))
rownames(md) <- colnames(dfr)
pheatmap(dist(as.data.frame(t(dfr))),annotation_col=md,annotation_row=md)

pheatmap(dist(as.data.frame(t(dfr))),annotation_col=md,annotation_row=md,
         cellheight=15,cellwidth=15)

Answer 3

我想详细说明一下。

关键问题是 fiddle 与 cellwidth 和 cellheight 以及 width 和 height。前者改变一个单元格占用多少像素，后者改变输出图像的大小。因此，如果您的图剪辑超出了图像的边缘，您可以减小单元格大小或增加图像大小。

请注意，这只会影响输出文件，不会影响您在 R 为运行时看到的 R 绘图区域。

示例：

library(pheatmap)
set.seed(1)
data <- as.data.frame(matrix(rnorm(600), ncol=20))
rownames(data) <- paste(rownames(data), "looooong text")

然后...

# Doesn't fit on image
pheatmap(data, filename = "/tmp/example_1.png",
         cellwidth = 20, cellheight = 20,
         width = 7, height=9.1)

# Change cell sizes, keep width/height fixed
pheatmap(data, filename = "/tmp/example_2.png",
         cellwidth = 10, cellheight = 10, # <--- changed here
         width = 7, height=9.1)

# Change width/height, keep cell sizes fixed
pheatmap(data, filename = "/tmp/example_3.png",
         cellwidth = 20, cellheight = 20,
         width = 9, height=10)   # <--- changed here

使用 pheatmap 时列标签被裁剪

Column labels cropped when using pheatmap

plot

r

pheatmap