使用 GEOquery 检索文件的注释
Retrieve annotation for file using GEOquery
我想使用 GEOquery 检索文件的注释。我阅读的一种方式是使用 fData()，因此：
geoFile<-getGEO("GSE99511")
fData(geoFile)
但是我得到了错误：
Error in (function (classes, fdef, mtable) :
unable to find an inherited method for function ‘fData’ for signature ‘"list"’
有什么建议吗？
编辑：如果你想要 "annotation file name"（大概是 GPL 平台），正确的方法是 annotation().
错误告诉您问题所在：geoFile 是一个列表，而 fData 需要其他类型的对象。 ?fData 会告诉你它期望什么。
如果您键入 names(geoFile)，您可能会看到：
[1] "GSE99511_series_matrix.txt.gz"
如果您键入 str(geoFile) 或更好，安装并加载 dplyr，然后 glimpse(geoFile)，您将看到对象的结构。
所有这些都告诉您需要将列表的第一个元素 geoFile 提供给 fData:
head(fData(geoFile$GSE99511_series_matrix.txt.gz))
并且您需要使用 head() 或 glimpse()，否则将向终端打印数千行。
我想使用 GEOquery 检索文件的注释。我阅读的一种方式是使用 fData()，因此：
geoFile<-getGEO("GSE99511")
fData(geoFile)
但是我得到了错误：
Error in (function (classes, fdef, mtable) :
unable to find an inherited method for function ‘fData’ for signature ‘"list"’
有什么建议吗？
编辑：如果你想要 "annotation file name"（大概是 GPL 平台），正确的方法是 annotation().
错误告诉您问题所在：geoFile 是一个列表，而 fData 需要其他类型的对象。 ?fData 会告诉你它期望什么。
如果您键入 names(geoFile)，您可能会看到：
[1] "GSE99511_series_matrix.txt.gz"
如果您键入 str(geoFile) 或更好，安装并加载 dplyr，然后 glimpse(geoFile)，您将看到对象的结构。
所有这些都告诉您需要将列表的第一个元素 geoFile 提供给 fData:
head(fData(geoFile$GSE99511_series_matrix.txt.gz))
并且您需要使用 head() 或 glimpse()，否则将向终端打印数千行。