使用 dplyr 0.7 和 R 连接到 Microsoft SQL 数据库

Question

我正在尝试将 dplyr/dbplyr (version 0.7) 与数据库 (Microsoft SQL Server 2014) 一起使用。我已经能够连接到它并使用 RODBC、DBI 和 odbc 包提取数据。当我尝试直接将 dplyr 动词与基础一起使用时，问题就出现了。

当我尝试使用 dplyr 时，出现以下错误：

Error in new_result(connection@ptr, statement) : std::bad_alloc

我在 dplyr repo, where Hadley told me it was most likely an odbc error. Jim was super helpful when I raised 问题 odbc 回购中提出了这个问题，但未能解决问题。

要明确：

RODBC::sqlQuery() 和 DBI::dbGetQuery() 都有效：我按预期取回了一个数据框，并且我可以使用 SQL 查询取回我想要的任何内容。我在尝试使用 dplyr 动词时只运行进入内存分配错误（实际上，即使我尝试 tbl() ）。有很多数据，但我正在查询它的一个子集，它很适合 R 内存。

理想情况下，如果可能的话，我宁愿将 R 的内存中的数据 完全保留在 之外。这样做的原因是我正在构建一个 Shiny 应用程序，它将根据用户选择的数据方面生成绘图等。可以想象，每次用户执行此操作时连接到数据库、发送查询和接收数据都会使应用程序有些无用，因为它太慢了。我的理想情况就像 RStudio 示例：

my_db <- src_mysql(
  dbname = "shinydemo",
  host = "shiny-demo.csa7qlmguqrf.us-east-1.rds.amazonaws.com",
  user = "guest",
  password = "guest"
)

> my_db %>% tbl("City") %>% head(5)
# Source:   lazy query [?? x 5]
# Database: mysql 10.0.17-MariaDB [guest@shiny-demo.csa7qlmguqrf.us-east-1.rds.amazonaws.com:/shinydemo]
     ID           Name CountryCode      District Population
  <dbl>          <chr>       <chr>         <chr>      <dbl>
1     1          Kabul         AFG         Kabol    1780000
2     2       Qandahar         AFG      Qandahar     237500
3     3          Herat         AFG         Herat     186800
4     4 Mazar-e-Sharif         AFG         Balkh     127800
5     5      Amsterdam         NLD Noord-Holland     731200

但是，以我的基础，我无法做到这一点。如果有任何帮助，我们将不胜感激 much。

Answer 1

唉。（任何遇到类似问题的人的答案。）

原来这是我尝试访问的特定 table 的问题。

这个 table 可以正常使用 RODBC 和 DBI/odbc，但是当我使用 dplyr 时，它就会出现这个错误。

数据库中的其他 tables 与 dplyr 一起工作正常，所以它一定与这个特定的 table 有关。更糟糕的是，我不知道为什么。

Answer 2

我在使用 Sybase 时遇到了非常相似的问题。结果证明我的问题与 odbc 或 DBI 包完全无关。

我的解决方案是确保我使用的是支持 8 字节 SQLLEN 数据类型的 ODBC 驱动程序。在 Linux 运行命令 odbcinst -j 上显示 SQLLEN 大小是 8 对于我在 RHEL Server 7.5 64- 上安装的 unixODBC 版本 2.3.1 运行少量。

默认情况下，Sybase 驱动程序符号链接到 4 字节版本。按照下面的说明，我确保链接到 8 字节版本并且我的问题得到解决。奇怪的是，我在通过 isql 发出命令时从未遇到过这些问题，但是......也许这适用于带有 SQL 服务器的@robertmc。

http://infocenter.sybase.com/help/topic/com.sybase.infocenter.dc20155.1600/doc/html/san1361915533650.html

也在相关的 GitHub 问题之一中发布了此内容： https://github.com/r-dbi/odbc/issues/174#issuecomment-403106647

使用 dplyr 0.7 和 R 连接到 Microsoft SQL 数据库

Connect to Microsoft SQL database with dplyr 0.7 and R

database

r

dplyr

dbplyr