R ggplot2 按百分比堆叠条形图与几个分类变量

Question

这是一个简单的问题，但我很难理解 ggplot2 要求的格式：

我在 R 中有以下 data.table，

print(dt)
    ID       category      A    B   C     totalABC                                                                                                                                                                                                                                         
1:  10      group1        1    3   0      4                                                                                                                                                                                                                                         
2:  11      group1        1   11   1      13                                                                                                                                                                                                                                         
3:  12      group2        15  20   2      37                                                                                                                                                                                                                                         
4:  13      group2        6   12   2      20                                                                                                                                                                                                                                         
5:  14      group2        17  83   6      106   
...

我的目标是创建一个比例堆积条形图，如本例所示：https://rpubs.com/escott8908/RGC_Ch3_Gar_Graphs

其中 X/totalABC 的百分比，其中 X 是 category_type A、B 或 C。我还想按类别执行此操作，例如x 轴值应为 group1、group2 等

举个具体的例子，在group1的情况下，总共有4+13=17个元素。

百分比为 percent_A = 11.7%, percent_B = 82.3%, percent_C = 5.9%

正确的 ggplot2 解决方案似乎是：

library(ggplot2)
pp = ggplot(dt, aes(x=category, y=percentage, fill=category_type)) +                                                                                                                                                                                                                               
          geom_bar(position="dodge", stat="identity")

我的困惑：如何创建一个对应于三个分类值的 percentage 列？

如果以上内容不正确，我将如何格式化我的 data.table 以创建堆叠条形图？

Answer 1

这是一个解决方案：

require(data.table)
require(ggplot2)
require(dplyr)

melt(dt,measure.vars = c("A","B","C"),
     variable.name = "groups",value.name = "nobs") %>%
 ggplot(aes(x=category,y=nobs,fill=groups)) + 
  geom_bar(stat = "identity",position="fill")

Answer 2

您可以使用以下代码：

melt(data.frame( #melt to get each variable (i.e. A, B, C) in a single row
     dt[,-1] %>% #get rid of ID
            group_by(category) %>% #group by category
                  summarise_each(funs(sum))), #get the summation for each variable
                  id.vars=c("category", "totalABC")) %>% 
ggplot(aes(x=category,y=value/totalABC,fill=variable))+ #define the x and y 
       geom_bar(stat = "identity",position="fill") + #make the stacked bars
                scale_y_continuous(labels = scales::percent) #change y axis to % format

这将绘制：

数据：

dt <- structure(list(ID = 10:14, category = structure(c(1L, 1L, 2L, 
    2L, 2L), .Label = c("group1", "group2"), class = "factor"), A = c(1L, 
    1L, 15L, 6L, 17L), B = c(3L, 11L, 20L, 12L, 83L), C = c(0L, 1L, 
    2L, 2L, 6L), totalABC = c(4L, 13L, 37L, 20L, 106L)), .Names = c("ID", 
    "category", "A", "B", "C", "totalABC"), row.names = c(NA, -5L
    ), class = c("data.table", "data.frame"), .internal.selfref = <pointer: 0x0000000000100788>)

如果您想坚持使用用于绘图的代码怎么办？

在那种情况下，您可以使用它来获取百分比：

df <- melt(data.frame( #melt to get each variable (i.e. A, B, C) in a single row
        dt[,-1] %>% #get rid of ID
          group_by(category) %>% #group by category
            summarise_each(funs(sum))), #get the summation for each variable
              id.vars=c("category", "totalABC")) %>% 
                mutate(percentage = dtf$value*100/dtf$totalABC)

但需要修改您的 ggplot 以正确获取堆叠条：

#variable is the column carrying category_type
#position dodge make the bars to be plotted next to each other 
#while fill makes the stacked bars
ggplot(df, aes(x=category, y=percentage, fill=variable)) +           
       geom_bar(position="fill", stat="identity")

R ggplot2 按百分比堆叠条形图与几个分类变量

R ggplot2 stacked barplot by percentage with several categorical variables

r

ggplot2

reshape

dplyr

data.table

如果您想坚持使用用于绘图的代码怎么办？