R：从 nlme fit 的详细输出中提取信息

Question

library(nlme)
fm2 <- nlme(height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc),
            data = Loblolly,
            fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1,
            random = Asym ~ 1,
            start = c(Asym = 103, R0 = -10, lrc = -8), verbose = TRUE)

**Iteration 1
LME step: Loglik: -115.9653, nlminb iterations: 1
reStruct  parameters:
     Seed 
-6.000592 
Error in nlme.formula(height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc), data = Loblolly,  : 
  step halving factor reduced below minimum in PNLS step

在这个例子中，我对起始值做了一些调整，所以算法没有收敛。但是，我有兴趣从详细输出中提取对数似然值 -115.9653。有办法吗？

Answer 1

我只有一个手动解决方案给你：

设置错误浏览：

options(error = recover)

运行你的代码和 select 最深的框架。您应该最终进入引发错误的函数的环境。您可以通过以下方式访问可能性：

nlmeFit$logLik

并将其分配给全局环境：

LL <<- nlmeFit$logLik

R：从 nlme fit 的详细输出中提取信息

R: extracting information from verbose output in nlme fit

r

mixed-models

output

nlme