如何为 scipy.stats 个测试实施多重测试
How to implement multiple testing for scipy.stats tests
我有一个来自两组不同样本的值的数据框。我对这些执行了 scipy.stats.ttest,效果很好,但我有点担心如此多的测试可能会产生多个测试错误。
我想知道如何用它来实现MTC(多重测试校正)。我的意思是,scipy 或 statsmodels 中是否有一些函数可以直接执行测试并将 MTC 应用于 p 值的输出序列,或者我可以毫无问题地将 MTC 函数应用于 p 值列表?
我知道 statsmodels 可能包含这样的功能,但不幸的是,它在可管理性和文档方面非常缺乏(事实上,这不是开发人员的错,他们三个人负责这么大的项目)。无论如何,我有点卡在这里,所以我很乐意接受任何建议。我没有在CrossValidated中问这个,因为它与实现部分的关系比与统计部分的关系更大。
2019 年 10 月 9 日编辑:
这个 link 从今天起有效
https://www.statsmodels.org/stable/generated/statsmodels.stats.multitest.multipletests.html
原始答案(returns 404 现在)
statsmodels.sandbox.stats.multicomp.multipletests 采用 p 值数组和 returns 调整后的 p 值。文档很清楚。
我有一个来自两组不同样本的值的数据框。我对这些执行了 scipy.stats.ttest,效果很好,但我有点担心如此多的测试可能会产生多个测试错误。
我想知道如何用它来实现MTC(多重测试校正)。我的意思是,scipy 或 statsmodels 中是否有一些函数可以直接执行测试并将 MTC 应用于 p 值的输出序列,或者我可以毫无问题地将 MTC 函数应用于 p 值列表?
我知道 statsmodels 可能包含这样的功能,但不幸的是,它在可管理性和文档方面非常缺乏(事实上,这不是开发人员的错,他们三个人负责这么大的项目)。无论如何,我有点卡在这里,所以我很乐意接受任何建议。我没有在CrossValidated中问这个,因为它与实现部分的关系比与统计部分的关系更大。
2019 年 10 月 9 日编辑: 这个 link 从今天起有效 https://www.statsmodels.org/stable/generated/statsmodels.stats.multitest.multipletests.html
原始答案(returns 404 现在)
statsmodels.sandbox.stats.multicomp.multipletests 采用 p 值数组和 returns 调整后的 p 值。文档很清楚。