MassEnt Rjava情况1001

Question

我一直在努力克服使用 dismo 包中的函数 maxent 的一系列错误。

Loading required package: rJava Unable to find any JVMs matching version "(null)". No Java runtime present, try --request to install. Error: package or namespace load failed for ‘rJava’: .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details: call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so': dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so Reason: image not found Error: package ‘rJava’ could not be loaded In addition: Warning message: running command '/usr/libexec/java_home' had status 1

我试过： 1-更新我的 R 版本 2- 删除并重新安装最新的 Java 版本 3- 删除并重新安装 rJava 4- 安装 JGR

None 已解决问题。有什么帮助吗？

Answer 1

在终端控制台执行：

machine-name:~ username$ which java
/usr/bin/java
machine-:~ username$ java -version
java version "1.8.0_131"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_131-b11)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.131-b11, mixed mode)

因为我安装了 jre，所以我可以进入 R 和运行:

> library(rJava)
> help(pac=rJava)
> res <- .jinit(classpath="myClasses.jar", parameters="-Xmx512m")
> res
[1] 0    # the sign of a successful initiation

您应该显示类似如下的信息：

> sessionInfo()
R version 3.4.0 (2017-04-21)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: OS X El Capitan 10.11.6

Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] parallel  stats4    grDevices utils     datasets  graphics  stats    
[8] methods   base     

other attached packages:
 [1] rJava_0.9-8         MASS_7.3-47         copula_0.999-16   
  snipped the rest of my loaded package listing

我在与 JGR 的合作中从未取得过任何成功，所以在这方面帮不上忙。

Answer 2

我遇到了同样的问题...对我来说，这有效：

卸载您的 java 并重新安装，但确保安装 64 位版本。
然后，安装软件包

install.packages("rJava"); install.packages("dismo")
此处：http://biodiversityinformatics.amnh.org/open_source/maxent/ 您下载 maxent... 然后将 "maxent.jar" 文件粘贴到 'dismo' 包的 'java' 文件夹中。您必须在加载库之前执行此操作。您找到 'dismo' 包运行的目录如下：

system.file("java", 包裹="dismo")
在你的系统中，打开regedit.You将要在JavaSoft文件夹中创建一个Prefs键。在我的中，它在这里：Computador\HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\JavaSoft ...根据您的系统，它可能在这里：HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\JavaSoft ...所以，看一看，并确保自己在正确的目录中创建首选项。那么：
在 JavaSoft 中单击鼠标右键 > 新建 > 密钥 > 将密钥命名为 Prefs。它现在应该可以工作了。加载库并尝试。

MassEnt Rjava情况1001

maxent RJava situation 1001

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r

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