具有可变步长整数值的 range()

Question

以下代码完全按预期工作：

dnasequences = [
    'GCTAGCTAGCTAGCTA',
    'CTAGCTAGCTAGCTAG',
    'TAGCTAGCTAGCTAGC',
    'AGCTAGCTAGCTAGCT'
]

xlate = {'G': 'C', 'C': 'G', 'T': 'A', 'A': 'U'}


def dna2rna(sequences):
    rnalist = [xlate[n] for sequence in sequences for n in sequence]
    return rnalist

rnasequences = dna2rna(dnasequences)
print([''.join(rnasequences[i:i+16]) for i in range(0, len(rnasequences), 16)])

它returns： ['CGAUCGAUCGAUCGAU', 'GAUCGAUCGAUCGAUC', 'AUCGAUCGAUCGAUCG', 'UCGAUCGAUCGAUCGA']

我正在尝试修改它，以便 dnasequences() 中的 DNA 序列可以是任意可变长度。

我很接近这个：

dnasequences = [
    'GCTAGCTA',
    'CTAGCTAGCTAGCTAG',
    'TAGCTAGCTAGCTAGC',
    'AGCTAGCTAGCTAGCT'
]

xlate = {'G': 'C', 'C': 'G', 'T': 'A', 'A': 'U'}


def dna2rna(sequences):
    rnalist = [xlate[n] for sequence in sequences for n in sequence]
    seqlen = [len(sequence) for sequence in sequences]
    return rnalist, seqlen


def printxlate(rnasq, lens):
    index = 0
    for i in range(0, len(rnasq), lens[index]):
        print([''.join(rnasq[i:i+lens[index]])])
        index += 1


rnasequences, seqlens = dna2rna(dnasequences)
printxlate(rnasequences, seqlens)

它正确地打印了前两个翻译的序列，但是从第三个开始它就关闭了（尽管我确实有第二个问题：在第二个程序版本中，我在 dnasequences() 中为每个序列获得了一个单独的列表，我不想要。我想要一个像第一个版本那样包含四个元素的列表。）

在第一次迭代时 i = 0。在第二次迭代中 i = 8。到目前为止一切顺利。

但是在第三次迭代中（在 PyCharm 调试器中）我看到 i = 16。我相信它应该是 24。因为它不是，第三和第四个翻译是错误的，它会出现 'index out of range' 错误。

如果第三次迭代是 i = 24，第四次迭代是 i = 40，它就可以工作。

我只是不明白为什么前两次迭代都是正确的，然后在第三次迭代时开始失败。

在第一个程序中 'i' 步进 0、16、32 和 48 就好了。

Answer 1

您遇到麻烦的原因是您通过在列表理解中使用嵌套的 for 来展平结果。如果您使用：

，则不必担心此问题

[[... for _ in string] for string in sequence]
# ^^^^ put the inner for loop here instead of at the end

第二个解决方案的变体是：

[''.join(xlate[l] for l in s) for s in dnasequences]
# ['CGAUCGAU', 'GAUCGAUCGAUCGAUC', 'AUCGAUCGAUCGAUCG', 'UCGAUCGAUCGAUCGA']

str.translate 应该是更好的选择：

table = str.maketrans(xlate)
[s.translate(table) for s in dnasequences]
# ['CGAUCGAU', 'GAUCGAUCGAUCGAUC', 'AUCGAUCGAUCGAUCG', 'UCGAUCGAUCGAUCGA']

Answer 2

功能齐全的修正后的第二个版本，包括一对多翻译。精炼：7-5-2017

from pprint import pprint

dnasequences = [
    'GCTAGCTA',
    'CTAGCTAGCTAGCTAG',
    'TAGCTAGCTAGC',
    'AGCTAGCTAGCTAGCTAGCT',
    'GCTA',
    'CTAGTAGCTGACTCAGTACGTACA'
]

xlate = {'G': 'abc', 'C': 'G', 'T': 'A', 'A': 'U'}

pprint([''.join(xlate[n] for n in sequence) for sequence in dnasequences])

输出： ['abcGAUabcGAU', 'GAUabcGAUabcGAUabcGAUabc', 'AUabcGAUabcGAUabcG', 'UabcGAUabcGAUabcGAUabcGAUabcGA', 'abcGAU', 'GAUabcAUabcGAabcUGAGUabcAUGabcAUGU']

具有可变步长整数值的 range()

range() with variable step integer value

python

list-comprehension

list

range

python-3.6