Mac:删除编译器并从头开始
Mac: Removing compilers and starting from scratch
过去 3 年我一直在使用 Rcpp 和 RcppArmadillo 进行编码。在某些时候,我在 Xcode 命令行工具上安装了额外的编译器 (gcc / gfortran)。从那时起,我无法在不从源代码编译 R 的情况下安装 RcppArmadillo(即使那样也不能一直工作)。
我对编译器等知之甚少,并尝试了我在互联网上阅读的东西,我觉得在这一点上,我对我的目录和编译器搞得太多了,什么都行不通。在我对 Mac 恢复出厂设置之前,我希望删除所有附加编译器/Xcode 等并从头开始。
我应该怎么做?
对于上下文,我在尝试加载 RcppArmadillo 时收到此错误
> library(RcppArmadillo)
Error: package or namespace load failed for ‘RcppArmadillo’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/Users/Dootika/Library/R/3.4/library/RcppArmadillo/libs/RcppArmadillo.so':
dlopen(/Users/Dootika/Library/R/3.4/library/RcppArmadillo/libs/RcppArmadillo.so, 6): Symbol not found: ___addtf3
Referenced from: /usr/local/lib/libquadmath.0.dylib
Expected in: /usr/local/lib/libgcc_s_x86_64.1.dylib
in /usr/local/lib/libquadmath.0.dylib
几年前我问过 ,现在我必须求助于从源安装的每个 R 版本更新。必须有办法解决这个问题,对吗?
macOS 工具链的状态与 R 3.4.* 行有点变化。由于 R 核心团队选择让 macOS 与其他 R 根据通过 OpenMP 启用并行化进行安装。特别是之前的安装操作:Xcode 命令行工具和自定义 gfortran 4.9 二进制文件已更改。
未来的新路径将是:安装 Xcode 命令行工具、官方 gfortran 6.1 二进制文件和名为 clang4
的自定义 clang 二进制文件。后期工具官方支持使用OpenMP
为此,我编写了一个快速 clang4 安装程序(采用 .pkg 格式)来处理 clang4
组件的安装。可以在这里找到它以及更详细的概述:
http://thecoatlessprofessor.com/programming/openmp-in-r-on-os-x/
过去 3 年我一直在使用 Rcpp 和 RcppArmadillo 进行编码。在某些时候,我在 Xcode 命令行工具上安装了额外的编译器 (gcc / gfortran)。从那时起,我无法在不从源代码编译 R 的情况下安装 RcppArmadillo(即使那样也不能一直工作)。
我对编译器等知之甚少,并尝试了我在互联网上阅读的东西,我觉得在这一点上,我对我的目录和编译器搞得太多了,什么都行不通。在我对 Mac 恢复出厂设置之前,我希望删除所有附加编译器/Xcode 等并从头开始。
我应该怎么做?
对于上下文,我在尝试加载 RcppArmadillo 时收到此错误
> library(RcppArmadillo)
Error: package or namespace load failed for ‘RcppArmadillo’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/Users/Dootika/Library/R/3.4/library/RcppArmadillo/libs/RcppArmadillo.so':
dlopen(/Users/Dootika/Library/R/3.4/library/RcppArmadillo/libs/RcppArmadillo.so, 6): Symbol not found: ___addtf3
Referenced from: /usr/local/lib/libquadmath.0.dylib
Expected in: /usr/local/lib/libgcc_s_x86_64.1.dylib
in /usr/local/lib/libquadmath.0.dylib
几年前我问过
macOS 工具链的状态与 R 3.4.* 行有点变化。由于 R 核心团队选择让 macOS 与其他 R 根据通过 OpenMP 启用并行化进行安装。特别是之前的安装操作:Xcode 命令行工具和自定义 gfortran 4.9 二进制文件已更改。
未来的新路径将是:安装 Xcode 命令行工具、官方 gfortran 6.1 二进制文件和名为 clang4
的自定义 clang 二进制文件。后期工具官方支持使用OpenMP
为此,我编写了一个快速 clang4 安装程序(采用 .pkg 格式)来处理 clang4
组件的安装。可以在这里找到它以及更详细的概述:
http://thecoatlessprofessor.com/programming/openmp-in-r-on-os-x/