geom_point 分手动缩放

Question

我得到了一些数据（名为 result.df），如下所示：

    orgaName                  abundance          pVal         score        
     A                        3          9.998622e-01     1.795338e-04
     B                        2          9.999790e-01     1.823428e-05
     C                        1          2.225074e-308    3.076527e+02
     D                        1          3.510957e-01     4.545745e-01

等等...

我现在正在策划的是：

p1 <- ggplot(result.df, aes(log2(abundance), (1-pVal), label=orgaName)) +
   ylab("1 - P-Value")+
   xlab("log2(abundance)")+
   geom_point(aes(size=score))+
   ggtitle(colnames(case.count.matrix)[i])+
   geom_text(data=subset(result.df, pVal < 0.05),hjust=.65, vjust=-1.2,size=2.5)+       
   geom_hline(aes(yintercept=.95), colour="blue", linetype="dashed")+
   theme_classic()

一切正常，看起来还不错。但是，我想要的是缩放通过

引入的点大小

geom_point(aes(size=score))+

根据固定值缩放。因此，图例应以十进制对数缩放，但分数应保持不变。这样低分几乎消失，高分在不同 "result.df".

之间的点数方面具有可比性

编辑

在查看@roman 和@vrajs5 的评论后，我能够制作出这样的情节。使用以下代码：

   ggplot(result.df, aes(log2(abundance), (1-pVal), label=orgaName)) +
   ylab("1 - P-Value")+
   xlab("log2(abundance)")+
   geom_point(aes(size=score))+
   ggtitle(colnames(case.count.matrix)[i])+    
   #geom_text(data=subset(result.df, pVal < 0.05 & log2(abundance) > xInt),hjust=.65, vjust=-1.2,size=2.5)+
   geom_text(data=subset(result.df, pVal < 0.05),hjust=.65, vjust=-1.2,size=2.5)+
   geom_hline(aes(yintercept=.95), colour="blue", linetype="dashed")+
   #geom_vline(aes(xintercept=xInt), colour="blue", linetype="dashed")+
   #geom_text(data=subset(result.df, pVal > 0.05 & log2(abundance) > xInt),alpha=.5,hjust=.65, vjust=-1.2,size=2)+
   #geom_text(data=subset(result.df, pVal < 0.05 & log2(abundance) < xInt),alpha=.5,hjust=.65, vjust=-1.2,size=2)+
   theme_classic() + 
   scale_size(range=c(2,12),expand=c(2,0),breaks=c(0,1,10,100,1000,1000000),labels=c(">=0",">=1",">=10",">=100",">=1000",">=1000000"),guide="legend")

如您所见，引入了休息点并标记为意向。然而，图例中的点大小并不反映图中的点大小。知道如何解决这个问题吗？

Answer 1

如@Roman 所述，如果您使用 scale_size，您可以指定大小限制。

以下是如何控制点大小的例子

result.df = read.table(text = 'orgaName                  abundance          pVal         score        
A                        3          9.998622e-01     1.795338e-04
B                        2          9.999790e-01     1.823428e-05
C                        1          2.225074e-308    3.076527e+02
D                        1          3.510957e-01     4.545745e-01
E                        3          2.510957e-01     2.545745e+00
F                        3          1.510957e-02     2.006527e+02
G                        2          5.510957e-01     3.545745e-02', header = T)

library(ggplot2)
ggplot(result.df, aes(log2(abundance), (1-pVal), label=orgaName)) +
  ylab("1 - P-Value")+
  xlab("log2(abundance)")+
  geom_point(aes(size=score))+
  #ggtitle(colnames(case.count.matrix)[i])+
  geom_text(data=subset(result.df, pVal < 0.05),hjust=.65, vjust=-1.2,size=2.5)+       
  geom_hline(aes(yintercept=.95), colour="blue", linetype="dashed")+
  theme_classic() + 
  scale_size(range = c(2,12))

输出图是

geom_point 分手动缩放

geom_point points manual scaling

plot

scaling

r