使用现有 R applications/packages 可视化协作网络结构

Question

我正在尝试可视化 "joint venture" 的关系数据结构（即，公司在产品中与其他公司合作）。例如，公司 i 可能与公司 j 参与了合资企业 A，但公司 i 也与公司 j 和公司 k 参与了合资企业 B，等等，所以公司 i、j、k 都共享某种合作关系成员关系 ({i, j}, {i, j, k})，但公司 {i, j} 之间的协作强度强于公司 {i, k}，因为公司 i 和 j 之间的合作更加联合冒险。

我想在那些标志性的网络图中形象化这一点，但强调不同二元组（公司）之间不同的关系强度。我想到的一个相关例子是 Mark Newman 在 PNAS 中的合着研究（Newman 2004），在图 6 中，每对节点（即作者）由不同厚度的边连接，代表强度每对作者之间的共同作者强度（即两者之间的合作作品数量），如下图所示：

我已经查看了一些与 R 的 igraph 和二分包有关的以前的帖子（例如 this one），但我认为二分网络及其应用不适合我在这里的目的。

我想知道 (1) 是否存在任何现有的 R packages/applications 可以帮助可视化网络中每个节点之间的连接强度，以及 (2) 这个结构应该如何数据类型是什么样的？（使用 'firm'、'project' 作为列或行？）

谢谢。

Answer 1

如@R.B 所述，您可以使用 visNetwork 库。带有虚构数据的代码可能如下所示：

library(igraph)
library(visNetwork)

set.seed(98765)   # for reproducibility
### generate some data, 
### nodes are entitities: letters represent contributors
nodes <- data.frame(id = 1:11, 
                    label = LETTERS[1:11],  # name of node
                    title = LETTERS[1:11])  # optional tooltip
### edges represent relations 
edges <- data.frame(
  from = sample(1:11, 50, replace = TRUE),
  to =  sample(1:11, 50, replace = TRUE),
  arrows = "",
  width = c(rep(1, 20), rep(4, 20), rep(6,6), rep(10, 3), 15)  ## weights
)


visNetwork(nodes, edges, width = "100%") %>%
  visIgraphLayout(layout = "layout_in_circle") %>%
  visNodes(size = 25) %>%
  visOptions(highlightNearest = list(enabled = F, hover = T) )

这会生成以下图（在 html 中互动）

请告诉我这是否是您想要的。

使用现有 R applications/packages 可视化协作网络结构

Visualizing collaboration network structure with existing R applications/packages

r

social-networking

igraph

bipartite