Biopython：通过蛋白质加入获取 XML-文件

Question

我有一个充满 Uniprot ID 的文件。现在我正在寻找一种方法来为每个 ID 下载整个 XML 条目。

Answer 1

首先，您为每个 UniProt ID 构建一个 URL，以检索蛋白质的 XML 定义。

uniprot_id = 'P12345'
url = 'http://www.uniprot.org/uniprot/'+uniprot_id+'.xml'

您可以构造 URLs 以通过更改字符串的结尾来检索不同的数据格式，即“.txt、.fasta、.rdf”。 link 提供了有关 uniprot 访问模式的更多具体细节。

接下来您打开 url 并使用 BioPython 解析输出。或者，您可以将 XML 字符串保存到磁盘。

import urllib2
from Bio import SeqIO

uniprot_id = 'P12345'
url = 'http://www.uniprot.org/uniprot/'+uniprot_id+'.xml'
s = urllib2.urlopen(url)
contents = s.read()

record = SeqIO.read(contents, 'uniprot-xml')

Biopython：通过蛋白质加入获取 XML-文件

Biopython: Getting XML-file by Protein accession

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