python statsmodel：tukey HSD 图不工作

Question

试图找出如何用 statsmodel 计算 Tukey 的 HSD。我可以使它工作并且结果看起来很棒但是有一个我看不到的均值差异图。我一定是在做傻事。

这是对象 TukeyHSDResults 中的方法 plot_simultaneous（参见 doc）。

这是我用来尝试的代码：

import pandas as pd
import numpy as np
from sklearn.cross_validation import train_test_split
from scipy import stats
from statsmodels.stats.multicomp import (pairwise_tukeyhsd,
                                         MultiComparison)

red_wine = pd.DataFrame.from_csv(".../winequality-red.csv",
                                  sep=';', header=0, index_col=False)
white_wine = pd.DataFrame.from_csv(".../winequality-white.csv",
                                    sep=';', header=0, index_col=False)
white1, white2 = train_test_split(white_wine['quality'], test_size=0.5, random_state=1812)

# compute anova
f, p = stats.f_oneway(red_wine['quality'], white1, white2)
print("F value: " + str(f))
print("p value: " + str(p))

# tukey HSD
red = pd.DataFrame(red_wine['quality'], columns=['quality'])
red['wine'] = map(lambda x: 'red', red['quality'])
w1 = pd.DataFrame(white1, columns=['quality'])
w1['wine'] = map(lambda x: 'white1', w1['quality'])
w2 = pd.DataFrame(white2, columns=['quality'])
w2['wine'] = map(lambda x: 'white2', w2['quality'])
total = pd.concat([red, w1, w2], axis=0)

res = pairwise_tukeyhsd(endog=total['quality'], groups=total['wine'], alpha=0.01)
print(res.summary())
res.plot_simultaneous()
mod = MultiComparison(total['quality'], total['wine'])
results = mod.tukeyhsd(0.01)
## plot does not work!
results.plot_simultaneous()

csv 文件是 public 数据集，可以从 here 获得。代码的一些解释：我随机分开白葡萄酒，这样我就知道这 2 个样本来自同一群体，而红葡萄酒的第三个样本来自不同的群体。只是一个简单的设置来尝试库。

我已经尝试过使用 pydev 和 ipython notebook 以防万一。在 pydev 中，我得到了沉默，没有图表，在 notebook 中，我得到了这个简洁的输出：

In [3]: results.plot_simultaneous('red')
Out[3]: <matplotlib.figure.Figure at 0x1105b2b90>

在python/pandas方面经验不多，但如果我坚持足够长的时间，我通常会看到情节。

我也试过文档中的示例（上面的link）：

In [3]:

cylinders = np.array([8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 4, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 8, 4, 6, 6, 6, 4, 4, 
                    4, 4, 4, 4, 6, 8, 8, 8, 8, 4, 4, 4, 4, 8, 8, 8, 8, 6, 6, 6, 6, 4, 4, 4, 4, 6, 6, 
                    6, 6, 4, 4, 4, 4, 4, 8, 4, 6, 6, 8, 8, 8, 8, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 
                    4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 6, 6, 4, 6, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4])
cyl_labels = np.array(['USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'France', 
    'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'Japan', 'USA', 'USA', 'USA', 'Japan', 
    'Germany', 'France', 'Germany', 'Sweden', 'Germany', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'Germany', 
    'USA', 'USA', 'France', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'Germany', 
    'Japan', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'Germany', 'Japan', 'Japan', 'USA', 'Sweden', 'USA', 'France', 
    'Japan', 'Germany', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 'USA', 
    'Germany', 'Japan', 'Japan', 'USA', 'USA', 'Japan', 'Japan', 'Japan', 'Japan', 'Japan', 'Japan', 'USA', 
    'USA', 'USA', 'USA', 'Japan', 'USA', 'USA', 'USA', 'Germany', 'USA', 'USA', 'USA'])
from statsmodels.stats.multicomp import MultiComparison
cardata = MultiComparison(cylinders, cyl_labels)
results = cardata.tukeyhsd()
results.plot_simultaneous()
Out[3]:
<matplotlib.figure.Figure at 0x10b5bb610>

相同的结果。

Answer 1

您可能需要告诉 matplotlib 使用哪个后端。

在 ipython notebook 中尝试在导入 matplotlib 之前添加一行 %matplotlib inline。

在您运行在笔记本之外的模块中尝试添加：

import matplotlib
matplotlib.use('qtagg')

有关后端的更多信息，请参阅 here。

python statsmodel：tukey HSD 图不工作

python statsmodel: tukey HSD plot not working

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