如何从 R 中的距离矩阵生成排序图

Question

这里我还有一个'graphical'问题：

我从 MOTHUR 获得了以下距离矩阵（来自加权 unifrac 分析）：

20
F3D0      
F3D1        0.222664
F3D141      0.157368    0.293308
F3D142      0.180278    0.319198    0.0944511
F3D143      0.157659    0.290975    0.0545202   0.0761392
F3D144      0.199909    0.34045 0.104358    0.086418    0.089473
F3D145      0.207946    0.348532    0.107841    0.076302    0.0940067   0.051632
F3D146      0.117877    0.253996    0.0891617   0.130867    0.0882064   0.134407    0.138415
F3D147      0.197256    0.336583    0.102114    0.0764106   0.0890669   0.0514887   0.0479297   0.135324
F3D148      0.173824    0.311951    0.0606815   0.0648557   0.056463    0.074914    0.0811015   0.111996    0.0709027
F3D149      0.145614    0.276632    0.0462779   0.105512    0.0628737   0.10902 0.114584    0.0739466   0.107123    0.0690412
F3D150      0.129557    0.277624    0.0840909   0.128305    0.0863231   0.140256    0.145381    0.0744572   0.13672 0.113564    0.0659831
F3D2        0.133531    0.216587    0.160832    0.186833    0.176061    0.214934    0.215261    0.152591    0.205629    0.188325    0.156313    0.153841
F3D3        0.213102    0.305651    0.123818    0.113021    0.139376    0.148558    0.13853 0.174377    0.139851    0.126329    0.131294    0.166738    0.137784
F3D5        0.128668    0.185235    0.167733    0.205183    0.176585    0.224806    0.230984    0.14497 0.223492    0.18933 0.153624    0.148617    0.127574    0.192433
F3D6        0.139411    0.236633    0.135418    0.124848    0.134198    0.175098    0.166205    0.118905    0.166144    0.151842    0.120964    0.12724 0.0950943   0.119852    0.129523
F3D7        0.198884    0.315888    0.130385    0.0989168   0.131945    0.14625 0.126203    0.173689    0.128993    0.121373    0.140199    0.152123    0.152893    0.0906675   0.186674    0.111134
F3D8        0.178656    0.18783 0.205737    0.22104 0.219858    0.268701    0.2644  0.184943    0.268051    0.229503    0.1979  0.20035 0.164427    0.203089    0.119084    0.142398    0.185551
F3D9        0.153265    0.186706    0.196143    0.21504 0.20728 0.262127    0.255558    0.174563    0.2607  0.221969    0.192437    0.185154    0.13976 0.195538    0.0973901   0.127619    0.177605    0.0558726
Mock        0.653789    0.645344    0.633297    0.623553    0.633903    0.633135    0.63394 0.635815    0.645332    0.636453    0.629143    0.646918    0.663222    0.639517    0.649722    0.64073 0.654882    0.63988 0.646155

由于这个距离矩阵来自 PCoA，我想做的是用 R 在排序图中绘制这些距离。

知道怎么做吗？

非常感谢

Answer 1

您的 vegan 库带有 metaMDS 函数，可以使用这样的距离矩阵作为输入为每个样本生成坐标。

让我们调用 M 到您的矩阵，您需要运行此代码：

    # Load the library
      library(vegan)
    # Use metaMDS function for 2D - plot
      NMDS <- metaMDS(distance = M, k = 2)
    # Plot your individuals
      plot(NMDS$points[,1], NMDS$points[,2])

在 NMDS$points 中，您有每个样本的坐标。我建议根据生物医学分析中的病例和对照等感兴趣的因素对个体进行着色。

Answer 2

感谢@R18，终于解决了这个问题

对于我上传的距离table，我得到的解决方案是使用下面的代码：

library(phyloseq)
library(vegan)
M <- import_mothur_dist("pcoa_UFdistance_matrix.dist")
unifrac <- metaMDS(M, distance = M, k = 2, trymax=100)
plot(unifrac$points[,1], unifrac$points[,2], main="Principal Coordinates Analysis", col.main="red", font.main=4, xlab="PCoA 1", ylab="PCoA 2")
text(unifrac, pos=3)

希望对大家有所帮助！！

如何从 R 中的距离矩阵生成排序图

How to generate an ordination plot from a distance matrix in R

r

matrix

distance

mothur