biopython FeatureLocation 比较

Question

我正在使用biopython完成一个简单的任务：从一个特定的genebank fill中，提取一个基因ID和相关信息到一个table中。

当我尝试比较来自不同 SeqFeature 的 Seq.SeqFeature.SeqFeature.location 时，它每次都会给我 False。即使在下面的情况下：

    from Bio.SeqFeature import FeatureLocation
    location1 = FeatureLocation(0,0,strand = 1)
    location2 = FeatureLocation(0,0,strand = 1)
    print(location1 == location2) # will print False

只有这样才能得到我想要的结果：

    print(location1.start == location2.start and location1.end == location2.end and location1.strand == location2.strand) # will print True.

问题就这样解决了，但我还在犹豫这是出于某种原因设计的还是比较方法还没有内置。

下面是我遇到这个问题的过程：

首先我只从genbank文件中提取了feat.type == 'CDS'信息，发现所有伪基因都丢失了。
然后我想到了把信息记录在 feat.type == 'gene' 然后寻找 'CDS' 或 'misc_feature'记录该基因的更多信息。

这就需要确认 'CDS' 或 'misc_feature' 在同一位置标注以防有多个 'misc_feature' 注释同一基因的某些域。

Answer 1

I am still wandering whether this is by design for some reason or the comparison method just haven't been built in yet.

答案似乎是后者。据我所知，FeatureLocation 的 __eq__ 方法应该在 2011 年添加，但没有加入。甚至其他 Biopython 对象也注意到缺乏比较 [=11= 的能力] 源代码注释中的对象。

但是，它在source code for the in progress, not yet released Biopython 1.70

即将实施的与您的实施之间的唯一区别是 ref 和 ref_db 字段的比较，默认为 None，因此如果您不使用它们，没问题.

有关更多背景信息，请参阅 pull request 1309。

biopython FeatureLocation 比较

biopython FeatureLocation comparison

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