在 Julia 中导入图形（网络）

Question

现在有人知道是否有任何模块可以让我在 Julia 中导入图形（网络）吗？

与 Python 合作时，我使用了 graph-tool 包，它对我非常有用！我的图表采用 .gt 文件格式。我可以在 Julia 中使用任何模块，以便我可以在那里导入它们吗？

我搜索了 LightGraphs 和 Junet，它们是相当新的但似乎在文档中看不到任何 "import" 部分。

Answer 1

LightGraphs 的图形导入现在在 GraphIO.jl 中。目前支持的导入格式包括

GML
图 6
GEXF
GraphML
帕杰克网络
点

即将推出更多格式。

Answer 2

最直接的解决方案是将您的 gt 文件转换为 graphml 格式，该格式与 LightGraphs 兼容，并且是 the recommended alternative format by graph-tool。

假设您有一个“.gt”文件，该文件在过去由以下 python 代码生成：

from graph_tool.all import *
g = Graph()
v1 = g.add_vertex()
v2 = g.add_vertex()
e = g.add_edge(v1,v2)
g.save('g.gt')

开始新的 python 会话，并将 "gt" 格式转换为 "graphml" 格式：

import graph_tool as gt
g = gt.Graph()
g.load('g.gt')
g.save('g.xml.gz')

然后，在 julia 中，使用 LightGraphs 和 GraphIO 包从 GraphML 文件加载：

using LightGraphs, GraphIO
D = loadgraphs("g.xml.gz", GraphMLFormat())
#> Dict{String,LightGraphs.AbstractGraph} with 1 entry:
#   "G" => {2, 1} directed simple Int64 graph

如果您想使用 PyCall 直接从 julia 中执行转换（即在脚本中），方法如下：

using PyCall
@pyimport graph_tool as gt
G = gt.Graph()
G[:load]("g.gt")
G[:save]("g.xml.gz")

（请注意，这意味着 python 并且图形工具库已经安装在您的计算机上并且可以从 julia 访问）。

理论上，如果您更喜欢图形工具并且习惯了它的语法并希望继续直接使用 .gt 文件格式，您可以如上所述，从 julia 内部通过 PyCall 使用它。这是否比迁移到为 julia designed LightGraphs 更好是另一回事。由您决定:)

_{PS。来自利明顿的问候，利明顿同胞！}

在 Julia 中导入图形（网络）

Import a graph (network) in Julia

julia

graph-tool

lightgraphs