在 R 中使用 geiger 包中的 treedata() 时出错

Question

我正在尝试运行以下代码行：

tree <- read.nexus("~/Dropbox/Billfishes/Analysis/Phylogenies/Fish_12Tax_time_calibrated.tre");
characterTable <- read.csv("~/Dropbox/Billfishes/Analysis/CodingTableThresh95.csv", row.names = 1);
treeWData <- treedata(tree, characterTable, sort = T);

当我上周运行这段代码时，它起作用了。然后我更新了我所有的包作为日常维护的一部分，现在我得到这个错误：

整数错误（最大（旧节点））：矢量大小不能无限大另外：警告信息：在 max(oldnodes) 中：max 没有非缺失参数；返回 -Inf

我试过回滚到以前版本的 R（我目前运行在 RStudio 1.0.143 中使用 R 3.4.0 版；geiger 是 2.0.6 版），阅读树作为 Newick，并尝试其他树文件，总是导致相同的错误。当我尝试使用其他树和字符数据集时，我没有收到错误。

知道这个错误是什么意思，and/or如何在不抛出此错误的情况下将此代码获取到运行？

Answer 1

经过仔细查错，我发现系统发育文件中的分类单元名称是用下划线分隔的，而table中的分类单元名称使用的是驼峰。因此，错误被抛出，因为系统发育中没有分类单元映射到字符 table.

在 R 中使用 geiger 包中的 treedata() 时出错

Error using treedata() from geiger package in R

r

phylogeny