在 R 的 3D 四面体中绘制 4D 成分

Question

我想知道如何连接下图中的点。

我有四变量成分数据，其中每一行代表一个样本，每个样本由四种成分（4 列）的不同比例组成。

可重现的例子：

library(compositions); library(rgl)
TimeSeries <- cbind(runif(10),runif(10),runif(10),runif(10))
TimeSeries <- TimeSeries/rowSums(TimeSeries)
Acomp  <- acomp(TimeSeries)
plot3D(Acomp_TS,  cex=10, col="red",   log=FALSE, coors=T, bbox=F,    scale=F, center=F, axis.col=1, axes=TRUE)

理想情况下，我想按照数据框中出现的顺序连接点。

我想这可以通过 lines3d 或 segments3d（库 rgl）之类的东西来完成，但我看不到如何从 Acomp 中提取 (x,y,z) 坐标。

Answer 1

您没有名为 Acomp_TS 的变量。我猜你的意思是 Acomp.

执行此操作的最佳方法是查看 plot3D.acomp 的源代码，然后按照它所做的去做。您可能还想建议包的维护者，他们应该不可见地 return 他们计算的 3D 坐标，以便于您想要做的事情。

但这里有一个可能有用的 hack：绘制点后，读取它们的位置并将其用作坐标。例如，

library(compositions); library(rgl)
TimeSeries <- cbind(runif(10),runif(10),runif(10),runif(10))
TimeSeries <- TimeSeries/rowSums(TimeSeries)
Acomp  <- acomp(TimeSeries)
plot3D(Acomp,  cex=10, col="red",   log=FALSE, coors=T, bbox=F,    scale=F, center=F, axis.col=1, axes=TRUE)
ids <- rgl.ids()
pts <- ids$id[ids$type == "points"]
lines3d(rgl.attrib(pts, "vertices"))

这产生了

在 R 的 3D 四面体中绘制 4D 成分

Plotting 4D compositional in a 3D tetrahedron in R

r

composition

ternary

rgl

simplex