弗里德曼的（农业）错误

Question

我正在尝试运行使用 friedman 测试（agricolae 包）进行阻塞的重复测量方差分析。但是，我一直收到同样的错误，我不明白这是什么意思。

这是代码：

out<-with(nh3,friedman(season,datecode,meannh3, alpha = 0.05, group=TRUE,main=NULL,console=TRUE))

我的数据是这样的：

class(nh3$meannh3): numeric
class(nh3$season): factor
class(nh3$datecode): factor

我的治疗是季节，他们应该被日期代码屏蔽。 meannh3 是感兴趣的变量。日期不是独立的，这就是它们被阻止的原因。虽然季节性差异是我感兴趣的，但这就是治疗的原因。感兴趣的变量是 NH3 的浓度。

这是我得到的错误：

out<-with(nh3,friedman(season,datecode,meannh3, alpha = 0.05, group=TRUE,main=NULL,console=TRUE))

Study: meannh3 ~ season + datecode 

datecode,  Sum of the ranks

   meannh3 r
1     11.0 3
10    10.5 3
11    15.0 3
13    11.0 3
14    11.0 3
2     17.0 3
3     17.0 3
4     17.0 8
5     12.5 1
6     13.5 3
7     14.5 3
8     15.5 3
9     16.5 3

Friedman's Test
===============
Adjusted for ties
Value: 2.718615
Pvalue chisq : 0.9972256
F value : 0.1277461
Pvalue F: 0.9996747 0.9998106 NaN

Alpha     : 0.05
t-Student : 2.178813
LSD       : 22.04983

Means with the same letter are not significantly different.
GroupTreatment and Sum of the ranks
a      2   17 
a      3   17 
a      4   17 
a      9   16.5 
a      8   15.5 
a      11      15 
a      7   14.5 
a      6   13.5 
a      5   12.5 
a      1   11 
a      13      11 
a      14      11 
a      10      10.5 

Error in `row.names<-.data.frame`(`*tmp*`, value = value) : 
  invalid 'row.names' length
In addition: Warning message:
In pf(T2.aj, ntr - 1, (ntr - 1) * (nr - 1)) : NaNs produced

这是什么意思？我已经搜索了这个特定的错误，但我没有找到任何有意义的东西，与弗里德曼测试无关。上面吐出来的Study equation是对的。。所以，没看懂。

我查看了此页面 (friedman agricolae returning errors)，但没有帮助。

Answer 1

这个分析被证明太难了 - 数据的形状不正确，它需要在 Friedman (agricolae) 检验的矩阵中。

我最终使用重复测量方差分析，排列如下：

模型<-aovp(nh4~season*year+Error(daysinceiceon/season), data=df) 摘要（模型） posthoc.kruskal.nemenyi.test(nh4 ~ season, data =df)

aovp 是 lmPerm 包的一部分。我知道这有点过时了，所以如果有人有更新的、支持的排列方差分析，请告诉我。

在这里，我的原假设是季节、年份或季节*年和天之间没有差异，因为ceiceon是重复测量。

然后，如果发现季节之间存在显着差异，我会继续进行事后检验 (posthoc.kruskal.nemenyi.test) 以了解季节差异。在写这些结果时，我需要指出，有时季节*年份的相互作用也很重要。

弗里德曼的（农业）错误

Friedman (agricolae) error

r

block

repeat

anova

measures