rcpp包创建符号找不到错误

Question

我正在尝试使用 Rcpp 创建 R 包。

我要导出的主要代码是 C++，但它依赖于其他 C++ 和 C 脚本。

我的项目是这样的：

├── DESCRIPTION
├── NAMESPACE
├── R
│   └── RcppExports.R
├── README.md
├── Read-and-delete-me
├── inst
│   ├── include
│   │   ├── Generate_RQMC.hpp
│   │   ├── Get_seed.hpp
│   │   ├── HilbertCode.hpp
│   │   └── SamplePack
│   │       ├── DB_NX.h
│   │       ├── DB_ShiftNets.h
│   │       ├── DigitalNetsBase2.h
│   │       ├── Measurements.h
│   │       └── RadicalInversesBase2.h
│   └── libsqmc_main.a
├── man
│   └── RSQMC-package.Rd
└── src
    ├── Makevars
    ├── RSQMC.so
    ├── RcppExports.cpp
    ├── RcppExports.o
    ├── SQMC.cpp
    ├── SQMC.o
    └── libqmc
        ├── Generate_RQMC.cpp
        ├── Generate_RQMC.o
        ├── Get_seed.cpp
        ├── Get_seed.o
        ├── HilbertCode.cpp
        ├── HilbertCode.o
        └── SamplePack
            ├── DigitalNetsBase2.C
            ├── Measurements.C
            ├── dn2dpro.C
            ├── dnmeasure.C
            ├── ricapdisc.C
            ├── rimeasure.C
            ├── rivis.C
            └── tparam.C

其中 libsqmc.so 是文件夹 R_Functions.[= 中对所有脚本进行分组的共享库18=]

在 main.cpp 文件中，我想从 Generate_RQMC.hpp 调用一个函数，所以我在脚本的开头添加了以下行：

#include "SQMC_scripts/R_Functions/include/Generate_RQMC.hpp"

当我运行

R CMD build RSQMC

我收到以下错误：

Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/private/var/folders/37/vpwyrl2j2bxdj91kh9fktzk00000gn/T/RtmpybFnDv/Rinst2f1e7114fbd2/RSQMC/libs/RSQMC.so': dlopen(/private/var/folders/37/vpwyrl2j2bxdj91kh9fktzk00000gn/T/RtmpybFnDv/Rinst2f1e7114fbd2/RSQMC/libs/RSQMC.so, 6): Symbol not found: __Z16MyFunctioniii Referenced from: /private/var/folders/37/vpwyrl2j2bxdj91kh9fktzk00000gn/T/RtmpybFnDv/Rinst2f1e7114fbd2/RSQMC/libs/RSQMC.so Expected in: flat namespace in /private/var/folders/37/vpwyrl2j2bxdj91kh9fktzk00000gn/T/RtmpybFnDv/Rinst2f1e7114fbd2/RSQMC/libs/RSQMC.so Error: loading failed Execution halted ERROR: loading failed * removing ‘/private/var/folders/37/vpwyrl2j2bxdj91kh9fktzk00000gn/T/RtmpybFnDv/Rinst2f1e7114fbd2/RSQMC’

MyFunction 是我试图在 Generate_RQMC.hpp.

的主文件中调用的函数

我通过将 -I".../src/SQMC_scripts/include" 添加到 PKG_LIBS 来修改 Makevars，但它没有改变任何东西。

我正在使用 macOS Sierra 10.12.5、R 3.3.2 和 Rcpp 0.12.11。

更新

我修改了我的 Makevars，现在看起来像这样：

CXX_STD = CXX11

SOURCES=$(wildcard SQMC_scripts/*.cpp SQMC_scripts/*/*.C)

OBJECTS = SQMC.o RcppExports.o $(SOURCES:.cpp=.o)

PKG_CXXFLAGS = -I".../RSQMC/src/" 

PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

all: $(SHLIB)

$(OBJECTS): clean

clean:  @rm -f $(OBJECTS)

但我仍然遇到同样的错误（对于 SQMC_scripts 文件夹中定义的不同 classes 和函数）例如：

Symbol not found: __ZN19DigitalNetGeneratorC1E4_dgtj

DigitalNetGenerator 是在 C 文件 DigitalNetsBase2.

中定义的 class

更新 2

多亏了 Coatless 的回答和这个 repository。

我终于成功了

这是我的 Makevars 文件，如果它对其他人有帮助的话：

$(info The compilation root directory is: $(ROOT_DIR))                          
$(info The name of the shared library to be created is: $(SHLIB))               

CXX_STD = CXX11
PKG_CPPFLAGS= -Dlibqmc_core_shared_EXPORTS -I../inst -I../inst/include
PKG_LIBS= -L../inst -lsqmc_main -lgsl -lCGAL -lgslcblas
LIBS= -L./ -L../inst

SOURCES_C = ./libqmc/SamplePack/DigitalNetsBase2.C ./libqmc/SamplePack/dn2dpro.C ./libqmc/SamplePack/dnmeasure.C ./libqmc/SamplePack/Measurements.C ./libqmc/SamplePack/ricapdisc.C ./libqmc/SamplePack/rimeasure.C ./libqmc/SamplePack/rivis.C  ./libqmc/SamplePack/tparam.C

SOURCES_CPP= ./libqmc/Generate_RQMC.cpp ./libqmc/Get_seed.cpp ./libqmc/HilbertCode.cpp

OBJECTS = SQMC.o RcppExports.o $(SOURCES_CPP:.cpp=.o) $(SOURCES_C:.c=.o)

#all: $(SHLIB)

all: $(SHLIB) ../inst/libsqmc_main.a

$(SHLIB): $(OBJECTS) ../inst/libsqmc_main.a 

../inst/libsqmc_main.a: $(OBJECTS)
    ar -rvs ../inst/libsqmc_main.a $(OBJECTS)

Answer 1

您需要先进入 src/ 的子目录并编译您包含的代码，可能是一个静态库（或只是一堆 .o 文件），然后您可以从您的src/Makevars.

有一些软件包可以做到这一点，但我想不出一个很好的或规范的参考。我倾向于更喜欢外部库。

作为替代方案，您可以将所有 C++ 文件放入 src/，R 将进行构建。您可能需要调整文件中的 #include 路径。

Answer 2

包子目录是 Section 1.1.5: Package subdirectories in Writing R Extensions. Unfortunately, it leaves a bit out. So, this question comes up a bit... In fact, I had a similar variant of it as it related to Rcpp Attribute use in subfolders 中涵盖的一个有趣主题。（剧透：不能在 src/ 子文件夹中使用属性...）

不幸的是，对 src 目录中的文件夹执行此操作的唯一方法是修改 Makevars 文件，如 Section 1.2.1: Using Makevars in Writing R Extensions 后半部分所述。

所以，大致如下：

SOURCES=$(wildcard subfolder/*.cpp subfolder2/*.cpp)

OBJECTS = toplevelsrcfile.o RcppExports.o $(SOURCES:.cpp=.o)

PKG_CPPFLAGS=-I.

all: $(SHLIB)

clean:
    @rm -f $(OBJECTS)

应该可以……

请注意，在您的情况下 toplevelsrcfile.o 应该是 SQMC.o。

不确定为什么 symbols.rds 在 src/ 中...

rcpp包创建符号找不到错误

Rcpp package creation Symbol not found error

c++

r

rcpp

r-package