python 某些网络的数据结构,广度优先搜索
python data structure for certain networks, breadth first search
标题可能有点不清楚,但为了简要说明,我正在将一些生物网络(例如蛋白质网络)应用于编程。我想使用 breadth-first 搜索来计算一些值。这是我目前正在使用的网络示例:
附带说明,节点未命名并不意味着它不是节点。只是意味着它的名字对网络来说并不重要。
更简单的例子:
我的问题是我需要用一个数据结构来表示这个网络,我需要用它来为每个节点计算 2 个值:
一个节点的信号路径数(包括该节点的从输入到输出有多少条路径)
一个节点的反馈循环数(节点在多少个循环路径中)
我需要为网络中的每个 单个节点计算这些值。 Python 之所以想到,是因为它是生物信息学的标准,但我对其他具有潜在内置结构的语言持开放态度。在 Python 中,唯一想到的是某种形式的 DFA/dictionary 代表此类网络的交易,但我在这里发布问题是为了看看是否还有其他人有更好的主意.
NetworkX 运行良好。如果您阅读 documentation 的第 4.39.2 节,您将了解如何使用 NetworkX
进行 BFS
标题可能有点不清楚,但为了简要说明,我正在将一些生物网络(例如蛋白质网络)应用于编程。我想使用 breadth-first 搜索来计算一些值。这是我目前正在使用的网络示例:
附带说明,节点未命名并不意味着它不是节点。只是意味着它的名字对网络来说并不重要。
更简单的例子:
我的问题是我需要用一个数据结构来表示这个网络,我需要用它来为每个节点计算 2 个值:
一个节点的信号路径数(包括该节点的从输入到输出有多少条路径)
一个节点的反馈循环数(节点在多少个循环路径中)
我需要为网络中的每个 单个节点计算这些值。 Python 之所以想到,是因为它是生物信息学的标准,但我对其他具有潜在内置结构的语言持开放态度。在 Python 中,唯一想到的是某种形式的 DFA/dictionary 代表此类网络的交易,但我在这里发布问题是为了看看是否还有其他人有更好的主意.
NetworkX 运行良好。如果您阅读 documentation 的第 4.39.2 节,您将了解如何使用 NetworkX
进行 BFS