biomaRt R包中NCBI基因数据库的使用方法

Question

我不是 R 的专家，但我正在努力学习如何使用 biomaRt 包来查找位于我感兴趣区域的基因。

我已经通过以下代码使用集成数据集成功生成了有效输出：

> mart= useMart(biomart="ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl")
> results <- getBM(attributes =c("chromosome_name","start_position","end_position",
"band","hgnc_symbol","entrezgene"), filters = c("chromosome_name","start","end"),
values = list(1,226767027,227317593), mart=mart)

我知道 "entrezgene" 对应于 NCBI 基因 ID，但我想从 NCBI 获得基因名称。

有没有办法使用 biomaRt 连接到 NCBI 数据库并检索该信息？

先谢谢你。

Answer 1

键入 listAttributes(mart) 以查看您可以 select

的属性列表

关于基因名称，我想你可能想要 external_gene_id 但还有其他基因名称选项。

biomaRt R包中NCBI基因数据库的使用方法

How to use NCBI gene database in biomaRt R package

r

ncbi

biomart