使用 python、networkx、pygraphviz 获取图形顶点的布局坐标

Question

我想使用 NetworkX 创建图形，使用 Graphviz（通过 pygraphviz）布置图形。我已成功运行 NetworkX pygraphviz examples documentation

中的所有示例

我的问题是 - 如何将顶点的坐标 (x, y) 和尺寸（宽度、高度）返回到 NetworkX 图中。这就是目标。我只想要 Graphviz 的布局功能，而不是绘图功能。是否可以使用此堆栈（NetworkX、pygraphviz、graphviz）？还有其他方法吗？

背景动机是这样的。 Graphviz 输出 png，或 ps，或 svg 和许多其他格式。但我不想受到 Graphviz 处理的格式的限制。我希望能够 post- 处理布局结果，甚至如果我最终输出像 Graphviz 支持的流行格式。

更新：为了清楚起见，我重写了问题。关于 Graphviz 输出格式的建议没有抓住重点。这是我需要的布局数据

Update2：一个建议是以某种格式制作 Graphviz 输出，然后我可以从中解析布局数据。该建议是针对 SVG 的。我曾考虑过这种可能性。 Graphviz 输出 json（根据 Graphviz output formats documentation page）。我没能在我的 windows 安装上运行——出于某种原因，并不是所有的输出格式都存在）。然而，正是这种方法让我感到不安。为用于创建该输出的数据解析格式化输出似乎是倒退的。我认为应该提供数据本身。

更新 3 - 有一个类似的问题 - How to get the coordinates from layout from graphviz?。其中一个答案建议使用 NetworkX。但是答案使用 NetworkX 而不是 Graphviz 制作的布局。回答者不知道如何获取Graphviz布局数据。所以我的问题仍然相关，但尚未得到回答

更新 4 - 现在是 07-2019，我仍然没有找到解决这个问题的方法。我将一个答案标记为已接受 - 但有一个警告 - 尽管在该答案中找到了很好的建议，但我仍然一头雾水

Answer 1

迈克尔，我重新阅读了你的问题和评论，并使用我知道有效的工具（并且我知道如何使用），这就是我在你的鞋子中所做的。我会在 DOT/GraphViz 中绘制图表，然后选择一种人类可读且易于解析的格式，例如 SVG、"plain"，甚至是 x-dot。为什么？不是为了获取图形本身——其中一些甚至没有实现图形——而是因为这些格式是人类可读的并且包含不同绘图组件的 X-Y 坐标。您可以根据自己的目的使用这些坐标和尺寸。我刚刚做的一个简单图表的一些片段应该可以说明。 SVG优先

<svg width="89pt" height="188pt"

<g id="node1" class="node"><title>A</title>
<ellipse fill="none" stroke="black" cx="54" cy="-162" rx="27" ry="18"/>
<text text-anchor="middle" x="54" y="-158.3" font-family="Times New Roman,serif" font-size="14.00">A</text>

或 "plain" 格式，也许最简单的解析：

graph 1 0.75 1.5
node A 0.375 1.25 0.75 0.5 A solid ellipse black lightgrey
node B 0.375 0.25 0.75 0.5 B solid ellipse black lightgrey
edge A B 4 0.375 0.99579 0.375 0.88865 0.375 0.7599 0.375 0.64045 solid black
stop

或类似 html 的 VML：

<v:oval style="position:absolute; left: 0.00; top: 0.00; width: 54.00; height: 36.00" filled="false"  >

等等...不难想象解析出各种元素的所有 X-Y 并根据需要重新调整它们的用途。

Answer 2

PyGraphviz 没有 API 用于检索和设置布局信息，例如节点形状、边缘路由等。我不知道这些部分的任何 Python 接口Graphviz C 库。 Graphviz 本身确实提供了一个 Python 接口，包括渲染器，但我认为它也不完全符合您的要求 - 请参阅 http://www.graphviz.org/pdf/gv.3python.pdf.

最简单的方法可能确实是按照@JHL 的建议生成 SVG。

Answer 3

关于更新 4

现在还是 2019 年，但这完全符合我的需要

import networkx as nx
G = nx.complete_graph(10)
pos = nx.drawing.nx_agraph.graphviz_layout(G, prog='dot')
print(pos)

给我

{0: (327.0, 666.0), 1: (504.0, 594.0), 2: (327.0, 522.0), 3: (449.0, 450.0), 4: (283.0, 378.0), 5: (283.0, 306.0), 6: (473.0, 234.0), 7: (287.0, 162.0), 8: (418.0, 90.0), 9: (287.0, 18.0)}

节点和位置的字典！

问候 dom

Answer 4

这是另一种解决方案。它与 Dominik Kummer 的不同之处在于它公开了 pygraphviz.AGraph 对象，从而可以指定任意 gaphviz 属性来自定义布局。

import networkx as nx
import pygraphviz as pgv

g = nx.complete_graph(10)
ag = nx.drawing.nx_agraph.to_agraph(g)
ag.layout(prog='dot')
layout = [ag.get_node(n).attr['pos'] for n in ag.nodes()]
layout = [[int(ss) for ss in s.split(",")] for s in layout]
print(layout)

给我：

[[327, 666], [504, 594], [327, 522], [449, 450], [283, 378], [283, 306], [473, 234], [287, 162], [418, 90], [287, 18]]

使用 python、networkx、pygraphviz 获取图形顶点的布局坐标

Getting layout coordinates of graph vertices using python, networkx, pygraphviz

python

networkx

graphviz

pygraphviz

graph-layout