GenomicRanges：C 堆栈使用...太接近限制
GenomicRanges: C stack usage ... is too close to the limit
我正在从 biovizBase 包中加载内置表意文字：
data("hg19Ideogram", package = "biovizBase")
用 str:
检查时，实际对象是好的
> hg19Ideogram %>% str
Formal class 'GRanges' [package "GenomicRanges"] with 6 slots
..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "IRanges"] with 4 slots
.. .. ..@ values : Factor w/ 93 levels "chr1","chr1_gl000191_random",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
.. .. ..@ lengths : int [1:93] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
.. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. ..@ metadata : list()
..@ ranges :Formal class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots
.. .. ..@ start : int [1:93] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
.. .. ..@ width : int [1:93] 249250621 106433 547496 243199373 198022430 191154276 590426 189789 191469 180915260 ...
.. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. ..@ metadata : list()
..@ strand :Formal class 'Rle' [package "IRanges"] with 4 slots
.. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": 3
.. .. ..@ lengths : int 93
.. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. ..@ metadata : list()
..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "IRanges"] with 6 slots
.. .. ..@ rownames : NULL
.. .. ..@ nrows : int 93
.. .. ..@ listData : Named list()
.. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. ..@ metadata : list()
..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomicRanges"] with 4 slots
.. .. ..@ seqnames : chr [1:93] "chr1" "chr1_gl000191_random" "chr1_gl000192_random" "chr2" ...
.. .. ..@ seqlengths : int [1:93] 249250621 106433 547496 243199373 198022430 191154276 590426 189789 191469 180915260 ...
.. .. ..@ is_circular: logi [1:93] NA NA NA NA NA NA ...
.. .. ..@ genome : chr [1:93] "hg19" "hg19" "hg19" "hg19" ...
..@ metadata : list()
但是打印它会导致错误：
> hg19Ideogram
GRanges object with 93 ranges and 0 metadata columns:
Error: C stack usage 7969604 is too close to the limit
打印任何子对象都不会出现错误（包括 IRanges），因此错误似乎特别是对 GRanges 的打印调用。
此外，尝试将其与 ggbio 一起使用会导致相同的错误：
> ggplot() +
+ layout_circle(hg19Ideogram)
Error: C stack usage 7969268 is too close to the limit
关于此错误还有许多其他问题：
- Error: C stack usage is too close to the limit
- Error: C stack usage 24324761 is too close to the limit
- dendrapply Error: C stack usage is too close to the limit
- Erorr: C stack usage is too close to the limit in R
none 其中提供了一个对我有用的解决方案。
Cstack
> Cstack_info()
size current direction eval_depth
7969177 16048 1 2
版本
有人建议更新软件来解决问题。我更新到最新版本的 R、RStudio 和 ggbio（以及相关包），但它没有改变任何东西。
> sessionInfo()
R version 3.4.1 (2017-06-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04 LTS
Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
LAPACK: /usr/lib/libopenblasp-r0.2.18.so
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 LC_MONETARY=en_US.UTF-8
[6] LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats4 parallel stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] GenomicRanges_1.28.4 GenomeInfoDb_1.12.2 IRanges_2.10.2 S4Vectors_0.14.3 biovizBase_1.24.0 ggbio_1.24.1
[7] BiocGenerics_0.22.0 dplyr_0.7.1 purrr_0.2.2.2 readr_1.1.1 tidyr_0.6.3 tibble_1.3.3
[13] ggplot2_2.2.1 tidyverse_1.1.1 psych_1.7.5 pacman_0.4.6
loaded via a namespace (and not attached):
[1] colorspace_1.3-2 htmlTable_1.9 XVector_0.16.0 base64enc_0.1-3
[5] dichromat_2.0-0 bit64_0.9-7 interactiveDisplayBase_1.14.0 AnnotationDbi_1.38.1
[9] lubridate_1.6.0 xml2_1.1.1 splines_3.4.1 mnormt_1.5-5
[13] knitr_1.16 Formula_1.2-1 jsonlite_1.5 Rsamtools_1.28.0
[17] broom_0.4.2 cluster_2.0.3 graph_1.54.0 shiny_1.0.3
[21] compiler_3.4.1 httr_1.2.1 backports_1.1.0 assertthat_0.2.0
[25] Matrix_1.2-3 lazyeval_0.2.0 acepack_1.4.1 htmltools_0.3.6
[29] tools_3.4.1 bindrcpp_0.2 gtable_0.2.0 glue_1.1.1
[33] GenomeInfoDbData_0.99.0 reshape2_1.4.2 Rcpp_0.12.11 Biobase_2.36.2
[37] cellranger_1.1.0 Biostrings_2.44.1 nlme_3.1-124 rtracklayer_1.36.4
[41] stringr_1.2.0 rvest_0.3.2 mime_0.5 ensembldb_2.0.3
[45] XML_3.98-1.9 AnnotationHub_2.8.2 zlibbioc_1.22.0 scales_0.4.1
[49] BSgenome_1.44.0 VariantAnnotation_1.22.3 BiocInstaller_1.26.0 hms_0.3
[53] ProtGenerics_1.8.0 SummarizedExperiment_1.6.3 RBGL_1.52.0 AnnotationFilter_1.0.0
[57] RColorBrewer_1.1-2 yaml_2.1.14 curl_2.7 memoise_1.1.0
[61] gridExtra_2.2.1 biomaRt_2.32.1 rpart_4.1-10 reshape_0.8.6
[65] latticeExtra_0.6-28 stringi_1.1.5 RSQLite_2.0 checkmate_1.8.2
[69] GenomicFeatures_1.28.4 BiocParallel_1.10.1 rlang_0.1.1 pkgconfig_2.0.1
[73] matrixStats_0.52.2 bitops_1.0-6 lattice_0.20-33 bindr_0.1
[77] GenomicAlignments_1.12.1 htmlwidgets_0.8 bit_1.1-12 GGally_1.3.1
[81] plyr_1.8.4 magrittr_1.5 R6_2.2.2 Hmisc_4.0-3
[85] DelayedArray_0.2.7 DBI_0.7 haven_1.0.0 foreign_0.8-66
[89] survival_2.41-3 RCurl_1.95-4.8 nnet_7.3-12 modelr_0.1.0
[93] OrganismDbi_1.18.0 grid_3.4.1 readxl_1.0.0 data.table_1.10.4
[97] blob_1.1.0 forcats_0.2.0 digest_0.6.12 xtable_1.8-2
[101] httpuv_1.3.5 munsell_0.4.3
ulimit
One person suggested 使用 ulimit。这可行，但不清楚如何在 RStudio 中完成此操作。
mint@hp ~ $ ulimit -s
8192
mint@hp ~ $ ulimit -s unlimited
mint@hp ~ $ R --slave -e 'Cstack_info()["size"]'
size
NA
这不是因为计算机没有足够的可用内存 (16GB)。
RAppArmor
One person suggested 使用 RAppArmor 从 R 中增加限制。但是，该功能不再存在。不过看极限好像没什么问题
> rlimit_as();
$hardlim
[1] 1.844674e+19
$softlim
[1] 1.844674e+19
RStudio 中的 ulimit
在评论中，Yuval Ben-Arie 建议在 RStudio 中尝试 ulimit。我尝试过使用 RStudio 的终端和使用 system 从 R 到 运行 系统命令。既不影响实际的 R 会话，也不影响重新启动 R。
我运行没有东西可以尝试。
每个进程的堆栈内存不仅受可用内存限制，还受OS限制（默认不超过几个MiB）。
我不明白 ulimit -s unlimited 是否成功。 “不清楚如何在没有 RStudio 的情况下完成此操作”是什么意思？
原来是因为一些过时的包。我没有注意到它们没有更新，因为 RStudio 的 'update packages functionality' 忽略了一个没有写权限的包（因此根本没有通知你它们已经过时了）。因此，事实证明这是由于一个微妙的权限问题导致的。参见 this answer。
我正在从 biovizBase 包中加载内置表意文字：
data("hg19Ideogram", package = "biovizBase")
用 str:
> hg19Ideogram %>% str
Formal class 'GRanges' [package "GenomicRanges"] with 6 slots
..@ seqnames :Formal class 'Rle' [package "IRanges"] with 4 slots
.. .. ..@ values : Factor w/ 93 levels "chr1","chr1_gl000191_random",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
.. .. ..@ lengths : int [1:93] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
.. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. ..@ metadata : list()
..@ ranges :Formal class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots
.. .. ..@ start : int [1:93] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
.. .. ..@ width : int [1:93] 249250621 106433 547496 243199373 198022430 191154276 590426 189789 191469 180915260 ...
.. .. ..@ NAMES : NULL
.. .. ..@ elementType : chr "integer"
.. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. ..@ metadata : list()
..@ strand :Formal class 'Rle' [package "IRanges"] with 4 slots
.. .. ..@ values : Factor w/ 3 levels "+","-","*": 3
.. .. ..@ lengths : int 93
.. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. ..@ metadata : list()
..@ elementMetadata:Formal class 'DataFrame' [package "IRanges"] with 6 slots
.. .. ..@ rownames : NULL
.. .. ..@ nrows : int 93
.. .. ..@ listData : Named list()
.. .. ..@ elementType : chr "ANY"
.. .. ..@ elementMetadata: NULL
.. .. ..@ metadata : list()
..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "GenomicRanges"] with 4 slots
.. .. ..@ seqnames : chr [1:93] "chr1" "chr1_gl000191_random" "chr1_gl000192_random" "chr2" ...
.. .. ..@ seqlengths : int [1:93] 249250621 106433 547496 243199373 198022430 191154276 590426 189789 191469 180915260 ...
.. .. ..@ is_circular: logi [1:93] NA NA NA NA NA NA ...
.. .. ..@ genome : chr [1:93] "hg19" "hg19" "hg19" "hg19" ...
..@ metadata : list()
但是打印它会导致错误：
> hg19Ideogram
GRanges object with 93 ranges and 0 metadata columns:
Error: C stack usage 7969604 is too close to the limit
打印任何子对象都不会出现错误（包括 IRanges），因此错误似乎特别是对 GRanges 的打印调用。
此外，尝试将其与 ggbio 一起使用会导致相同的错误：
> ggplot() +
+ layout_circle(hg19Ideogram)
Error: C stack usage 7969268 is too close to the limit
关于此错误还有许多其他问题：
- Error: C stack usage is too close to the limit
- Error: C stack usage 24324761 is too close to the limit
- dendrapply Error: C stack usage is too close to the limit
- Erorr: C stack usage is too close to the limit in R
none 其中提供了一个对我有用的解决方案。
Cstack
> Cstack_info()
size current direction eval_depth
7969177 16048 1 2
版本
有人建议更新软件来解决问题。我更新到最新版本的 R、RStudio 和 ggbio（以及相关包），但它没有改变任何东西。
> sessionInfo()
R version 3.4.1 (2017-06-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04 LTS
Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
LAPACK: /usr/lib/libopenblasp-r0.2.18.so
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 LC_MONETARY=en_US.UTF-8
[6] LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats4 parallel stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] GenomicRanges_1.28.4 GenomeInfoDb_1.12.2 IRanges_2.10.2 S4Vectors_0.14.3 biovizBase_1.24.0 ggbio_1.24.1
[7] BiocGenerics_0.22.0 dplyr_0.7.1 purrr_0.2.2.2 readr_1.1.1 tidyr_0.6.3 tibble_1.3.3
[13] ggplot2_2.2.1 tidyverse_1.1.1 psych_1.7.5 pacman_0.4.6
loaded via a namespace (and not attached):
[1] colorspace_1.3-2 htmlTable_1.9 XVector_0.16.0 base64enc_0.1-3
[5] dichromat_2.0-0 bit64_0.9-7 interactiveDisplayBase_1.14.0 AnnotationDbi_1.38.1
[9] lubridate_1.6.0 xml2_1.1.1 splines_3.4.1 mnormt_1.5-5
[13] knitr_1.16 Formula_1.2-1 jsonlite_1.5 Rsamtools_1.28.0
[17] broom_0.4.2 cluster_2.0.3 graph_1.54.0 shiny_1.0.3
[21] compiler_3.4.1 httr_1.2.1 backports_1.1.0 assertthat_0.2.0
[25] Matrix_1.2-3 lazyeval_0.2.0 acepack_1.4.1 htmltools_0.3.6
[29] tools_3.4.1 bindrcpp_0.2 gtable_0.2.0 glue_1.1.1
[33] GenomeInfoDbData_0.99.0 reshape2_1.4.2 Rcpp_0.12.11 Biobase_2.36.2
[37] cellranger_1.1.0 Biostrings_2.44.1 nlme_3.1-124 rtracklayer_1.36.4
[41] stringr_1.2.0 rvest_0.3.2 mime_0.5 ensembldb_2.0.3
[45] XML_3.98-1.9 AnnotationHub_2.8.2 zlibbioc_1.22.0 scales_0.4.1
[49] BSgenome_1.44.0 VariantAnnotation_1.22.3 BiocInstaller_1.26.0 hms_0.3
[53] ProtGenerics_1.8.0 SummarizedExperiment_1.6.3 RBGL_1.52.0 AnnotationFilter_1.0.0
[57] RColorBrewer_1.1-2 yaml_2.1.14 curl_2.7 memoise_1.1.0
[61] gridExtra_2.2.1 biomaRt_2.32.1 rpart_4.1-10 reshape_0.8.6
[65] latticeExtra_0.6-28 stringi_1.1.5 RSQLite_2.0 checkmate_1.8.2
[69] GenomicFeatures_1.28.4 BiocParallel_1.10.1 rlang_0.1.1 pkgconfig_2.0.1
[73] matrixStats_0.52.2 bitops_1.0-6 lattice_0.20-33 bindr_0.1
[77] GenomicAlignments_1.12.1 htmlwidgets_0.8 bit_1.1-12 GGally_1.3.1
[81] plyr_1.8.4 magrittr_1.5 R6_2.2.2 Hmisc_4.0-3
[85] DelayedArray_0.2.7 DBI_0.7 haven_1.0.0 foreign_0.8-66
[89] survival_2.41-3 RCurl_1.95-4.8 nnet_7.3-12 modelr_0.1.0
[93] OrganismDbi_1.18.0 grid_3.4.1 readxl_1.0.0 data.table_1.10.4
[97] blob_1.1.0 forcats_0.2.0 digest_0.6.12 xtable_1.8-2
[101] httpuv_1.3.5 munsell_0.4.3
ulimit
One person suggested 使用 ulimit。这可行，但不清楚如何在 RStudio 中完成此操作。
mint@hp ~ $ ulimit -s
8192
mint@hp ~ $ ulimit -s unlimited
mint@hp ~ $ R --slave -e 'Cstack_info()["size"]'
size
NA
这不是因为计算机没有足够的可用内存 (16GB)。
RAppArmor
One person suggested 使用 RAppArmor 从 R 中增加限制。但是，该功能不再存在。不过看极限好像没什么问题
> rlimit_as();
$hardlim
[1] 1.844674e+19
$softlim
[1] 1.844674e+19
RStudio 中的 ulimit
在评论中，Yuval Ben-Arie 建议在 RStudio 中尝试 ulimit。我尝试过使用 RStudio 的终端和使用 system 从 R 到 运行 系统命令。既不影响实际的 R 会话，也不影响重新启动 R。
我运行没有东西可以尝试。
每个进程的堆栈内存不仅受可用内存限制，还受OS限制（默认不超过几个MiB）。
我不明白 ulimit -s unlimited 是否成功。 “不清楚如何在没有 RStudio 的情况下完成此操作”是什么意思？
原来是因为一些过时的包。我没有注意到它们没有更新，因为 RStudio 的 'update packages functionality' 忽略了一个没有写权限的包（因此根本没有通知你它们已经过时了）。因此，事实证明这是由于一个微妙的权限问题导致的。参见 this answer。