R：在矩阵中存储的数据帧中循环执行 ks 测试

Question

对于奇怪的语法，我深表歉意，我刚刚在学习编程。我有 100 列和 5304 行的 df。我需要使用第 5 个数字列或参考列对最后数字列中的 94 个 (6:ncol(df)) 执行单独的两侧 ks.tests：

r<-df$rank.

我还想将 p 值存储在矩阵中。据我了解，我可以使用 'for loop' 或 'apply' 函数。我有一个简单的代码，它只输出一个统计摘要（看起来它正在覆盖结果）：

for (i in 6:ncol(df))
y<-df[,i]
ks.test(r,y)->K
> K

Two-sample Kolmogorov-Smirnov test

data:  r and y
D = 0.71983, p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: two-sided

我已经尝试了很多变体，但使用 lapply 是错误的。关于为什么 "K" 不应该 return 多个值或将输出分配给矩阵的任何见解？谢谢你。

编辑：示例数据集

probe set   symbol  zscore  rank X1   X4 X13 X15 ....N (N=100)
22133-x_at  SP110   4.73635   1  400  14  5  1000
.                             2  5    430 56 150
.                             3  24   78  23 9000
...N
(N=5304)

Answer 1

考虑 sapply 到 return ks.test statistic 和 p.value[=17 的矩阵=]:

# RANDOM DATA TO DEMONSTRATE set.seed(147) df <- data.frame(id1 = sample(LETTERS, 5304, replace=TRUE), id2 = sample(LETTERS, 5304, replace=TRUE), id3 = sample(LETTERS, 5304, replace=TRUE), id4 = sample(LETTERS, 5304, replace=TRUE), setNames(lapply(5:100, function(i) rnorm(5304)), paste0("Col", 5:100))) r <- df[,5] res <- sapply(df[,6:100], function(y) { ks <- ks.test(r, y) c(statistic=ks$statistic, p.value=ks$p.value) setNames(c(ks$statistic, ks$p.value), c("statistic", "p.value")) }) # PRINT FIRST FIVE COLS res[,1:5] # Col6 Col7 Col8 Col9 Col10 # statistic 0.02111614 0.01338612 0.01074661 0.0224359 0.01677979 # p.value 0.18774138 0.72887906 0.91933648 0.1384762 0.44412866

R：在矩阵中存储的数据帧中循环执行 ks 测试

R: loop performing ks tests across data frame stored in matrix

for-loop

r

matrix

lapply

kolmogorov-smirnov