使用 rPython import numpy with python 3.5
Using rPython import numpy with python 3.5
我的R版本是3.4.1，python版本是3.5.2，OS是Ubuntu16.04.2
我在安装 rPython 时设置了 RPYTHON_PYTHON_VERSION=3.5，这是我默认的 rPython python 版本。
♥ python.exec('import sys')
♥ python.exec('print(sys.version)')
3.5.2 (default, Nov 17 2016, 17:05:23)
[GCC 5.4.0 20160609]
当我通过 rPython 导入 numpy 时（在 python 3.5 中使用 import numpy 没有问题，一切正常。），我得到了这个：
♥ python.exec('import numpy')
Error in python.exec("import numpy") :
Importing the multiarray numpy extension module failed. Most
likely you are trying to import a failed build of numpy.
If you're working with a numpy git repo, try `git clean -xdf` (removes all
files not under version control). Otherwise reinstall numpy.
Original error was: /usr/local/lib/python3.5/dist-packages/numpy/core/multiarray.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: PyType_GenericNew
但是，如果我设置 RPYTHON_PYTHON_VERSION=2 并重新安装 rPython，import numpy 就会起作用。如何使用 python 3.5 在 rPython 下成功导入 numpy？
首先，您可以将任何包从 R/rPython 导入到 python 3.5.3 吗？
我也遇到了这个问题。我得到的错误与 posters 完全相同（numpy 不会加载）。后来我发现我无法导入任何包。但是，我可以在 python 2.7.13 和 python 3.5.3 中导入包（只是不通过 R/rPython）。这让我相信这是一个 'rPython' R 包错误。以下是我为解决此问题所做的尝试：
1) 我已尝试 installing/reinstalling R 包 rPython 使用 python 2.7.13 或 python 3.5.3。我可以通过重新安装 rPython 包将 R 连接到 python 2.7.13：
install.packages("rPython",lib= "home/myusername/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4", configure.vars= "RPYTHON_PYTHON_VERSION=2")
在安装期间使用 "RPYTHON_PYTHON_VERSION=3" 同样允许我将 R 与 python 3.5.3 连接。当 rPython 连接到 python 2.7.13 时，我可以从 R 调用 "import numpy"，但当连接到 3.5.3 时则不能。
2) 我已经找到所有之前安装并卸载的 numpy 和 scipy。我为 python 2.7.13 和 python 3.5.3 每个都有几个副本。使用 pip 和 pip3 重新安装并没有解决问题（为了安全起见，我事先重新启动了 R）。
从这两个帐户来看，这似乎是 R 包的问题 'rPython'。您可以尝试 R 中较新的 'reticulate' 包，看看它是否更适合您。但是，在使用网状结构将 R 与 python 连接时，我无法让并行线程工作，不幸的是，这正是我需要做的。然而，线程在使用 'rPython' 时确实工作得很好，但我需要的包需要 python 3+。如果我能够解决它，我将继续进行故障排除并更新此 post。同时，给 'reticulate' 一个机会，它是一个非常整洁的包。
编辑
我能够使用 'reticulate' 包从 python 3.5.3 在 R 中加载 numpy。
EDIT2 对于那些将来发现这个 post 的人，我能找到的唯一解决方案是使用 python3 代码和 R 的多线程使用 system(python3 "path_to_python_script" arg1 arg2 arg3)
调用 python 文件
我的R版本是3.4.1，python版本是3.5.2，OS是Ubuntu16.04.2
我在安装 rPython 时设置了 RPYTHON_PYTHON_VERSION=3.5，这是我默认的 rPython python 版本。
♥ python.exec('import sys')
♥ python.exec('print(sys.version)')
3.5.2 (default, Nov 17 2016, 17:05:23)
[GCC 5.4.0 20160609]
当我通过 rPython 导入 numpy 时（在 python 3.5 中使用 import numpy 没有问题，一切正常。），我得到了这个：
♥ python.exec('import numpy')
Error in python.exec("import numpy") :
Importing the multiarray numpy extension module failed. Most
likely you are trying to import a failed build of numpy.
If you're working with a numpy git repo, try `git clean -xdf` (removes all
files not under version control). Otherwise reinstall numpy.
Original error was: /usr/local/lib/python3.5/dist-packages/numpy/core/multiarray.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: PyType_GenericNew
但是，如果我设置 RPYTHON_PYTHON_VERSION=2 并重新安装 rPython，import numpy 就会起作用。如何使用 python 3.5 在 rPython 下成功导入 numpy？
首先，您可以将任何包从 R/rPython 导入到 python 3.5.3 吗？
我也遇到了这个问题。我得到的错误与 posters 完全相同（numpy 不会加载）。后来我发现我无法导入任何包。但是，我可以在 python 2.7.13 和 python 3.5.3 中导入包（只是不通过 R/rPython）。这让我相信这是一个 'rPython' R 包错误。以下是我为解决此问题所做的尝试：
1) 我已尝试 installing/reinstalling R 包 rPython 使用 python 2.7.13 或 python 3.5.3。我可以通过重新安装 rPython 包将 R 连接到 python 2.7.13：
install.packages("rPython",lib= "home/myusername/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4", configure.vars= "RPYTHON_PYTHON_VERSION=2")
在安装期间使用 "RPYTHON_PYTHON_VERSION=3" 同样允许我将 R 与 python 3.5.3 连接。当 rPython 连接到 python 2.7.13 时，我可以从 R 调用 "import numpy"，但当连接到 3.5.3 时则不能。
2) 我已经找到所有之前安装并卸载的 numpy 和 scipy。我为 python 2.7.13 和 python 3.5.3 每个都有几个副本。使用 pip 和 pip3 重新安装并没有解决问题（为了安全起见，我事先重新启动了 R）。
从这两个帐户来看，这似乎是 R 包的问题 'rPython'。您可以尝试 R 中较新的 'reticulate' 包，看看它是否更适合您。但是，在使用网状结构将 R 与 python 连接时，我无法让并行线程工作，不幸的是，这正是我需要做的。然而，线程在使用 'rPython' 时确实工作得很好，但我需要的包需要 python 3+。如果我能够解决它，我将继续进行故障排除并更新此 post。同时，给 'reticulate' 一个机会，它是一个非常整洁的包。
编辑 我能够使用 'reticulate' 包从 python 3.5.3 在 R 中加载 numpy。
EDIT2 对于那些将来发现这个 post 的人，我能找到的唯一解决方案是使用 python3 代码和 R 的多线程使用 system(python3 "path_to_python_script" arg1 arg2 arg3)
调用 python 文件