从数据框行的随机标签创建因子向量

Question

我有一个包含 110 行的数据框，它是来自微阵列实验表达式集对象的 pData。我想创建一个具有 2 个级别的因子向量，随机分配给行（代表实验样本）。例如，如果实验中有 110 行对应于 110 名受试者，我希望将 55 行设置为“G0”，将 55 行设置为“G1”。这些组用于后续功能。我目前正在尝试包含在我要修改的函数中的以下内容：

# makes a numeric vector of the number of subjects/rows in the pData
sml<-rep(0,length(colnames(eset))

# ‘populate’ sml with G0 & G1 
sml[sample(sml,(length(sml)/2))]<-"G0"
sml[sample(sml,(length(sml)/2))]<-"G1"
label <- as.factor(sml)

如何采样，使 G1 组完成 sml 的长度，并保持已分配为 G0 的位置不变？谢谢

Answer 1

这是正确答案

eset <- matrix(NA, ncol = 110, nrow = 1)
good <- sample(
  rep(
    factor(c("G0", "G1")),
    ncol(eset) %/% 2
  )
)
table(good)

这是个坏例子

bad <- sample(c("G0", "G1"), ncol(eset), replace = TRUE)
table(bad)

从数据框行的随机标签创建因子向量

Create Vector of Factors from random labelling of rows of a data frame

random

r

bioconductor