仍在努力处理大数据集

Question

我一直在这个网站上浏览，但未能找到确切的答案。如果它已经存在，我为重新发布道歉。

我正在处理非常大的数据集（在具有 32 GB RAM 的计算机上有 6 亿行、64 列）。我真的只需要这些数据的小得多的子集，但除了用 fread 简单地导入一个数据集并选择我需要的 5 列之外，我正在努力执行任何功能。之后，我尝试用我需要的特定条件覆盖我的数据集，但我达到了 RAM 上限并收到消息“错误：无法分配 4.5 GB 的向量大小。我将 ff 和 bigmemory 包视为替代方案，但似乎比如你不能在导入这些包之前进行子集化？除了升级计算机上的 RAM 之外，还有什么解决这个问题的方法吗？

我要执行的任务：

>SampleTable<-fread("my.csv", header = T, sep = ",", select=c("column1", "column2", "column7", "column12", "column15"))

>SampleTable2<-SampleTable[SampleTable[,column1=="6" & column7=="1"]]

至此，我达到了内存上限。尝试使用另一个包但导入 6 亿行的所有 64 列会更好吗？我也不想为了执行一次导入而花费数小时。

Answer 1

如果您的数据集可以轻松解析（例如没有嵌入逗号）：

library(data.table)

> fread('cat tmp.csv')
   col1 col2 col3 col4 col5 col6 col7 col8 col9 col10 col11 col12 col13 col14 col15 col16 col17
1:    6    1    1    1    1    1    1    1    1     1     1     1     1     1     1     1     1
2:    2    2    2    2    2    2    2    2    2     2     2     2     2     2     2     2     2
> fread("cat tmp.csv | awk -F ',' 'NR == 1 || ( == 6 &&  == 1)'")
   col1 col2 col3 col4 col5 col6 col7 col8 col9 col10 col11 col12 col13 col14 col15 col16 col17
1:    6    1    1    1    1    1    1    1    1     1     1     1     1     1     1     1     1
> fread("cat tmp.csv | awk -F ',' 'NR == 1 || ( == 6 &&  == 1) {print , , , , }'")
   col1 col2 col7 col12 col15
1:    6    1    1     1     1
>

Answer 2

您可以分块读取 CSV 文件：

# Define only the subset of columns
csv <- "my.csv"
colnames <- names(read.csv(csv, header = TRUE, nrows = 1))
colclasses <- rep(list(NULL), length(colnames))
ind <- c(1, 2, 7, 12, 15)
colclasses[ind] <- "double"

# Read header and first line
library(dplyr)
l_df <- list()
con <- file(csv, "rt")
df <- read.csv(con, header = TRUE, nrows = 1, colClasses = colclasses) %>%
  filter(V1 == 6, V7 == 1)
names(df) <- paste0("V", ind)
l_df[[i <- 1]] <- df

# Read all other lines and combine
repeat {
  i <- i + 1
  df <- read.csv(con, header = FALSE, nrows = 9973, colClasses = colclasses)
  l_df[[i]] <- filter(df, V1 == 6, V7 == 1)
  if (nrow(df) < 9973) break
}
df <- do.call("rbind", l_df)

9973 是一个任意质数，几乎没有机会成为 nlines - 1.

的约数

仍在努力处理大数据集

Still struggling with handling large data set

memory-management

r

ff

data.table

r-bigmemory